核心观点
- EQA-13 覆盖了血清型分型、毒力基因检测和基于分子分型的聚类分析，旨在评估参与 FWD-Net 的国家参考实验室在病原体分型方面的能力和结果的可比性。
- 2023 年 EU 报告了 10217 例确认的 STEC 病例，其中 O157、O26、O146、O103、O145 和 O63 是最常见的血清群。
- 大多数实验室 (95%) 参与了血清型分型，其中 86% 完成了完整的 O:H 分型，平均得分为 98%。
- 所有实验室 (100%) 参与了毒力基因检测，stx1、stx2 和 eae 基因的检测成功率分别为 97%、95% 和 98%。
- 86% 的实验室参与了基于分子分型的聚类分析，所有实验室 (100%) 正确识别了预定义的密切相关菌株群。
- 参与者普遍认为 QC 评估是有价值的，但需要简化结果报告流程。
关键数据
- EU 报告的 STEC 病例数从 2022 年的 24 例/10 万人口增加到 2023 年的 31 例/10 万人口，增幅为 30%。
- 只有塞浦路斯报告了零例 STEC 病例。
- 15 个实验室利用 WGS 方法进行毒力基因检测。
- 19 个实验室利用 WGS 数据进行聚类分析。
- 63% 的参与者报告了修改后的序列存在质量问题，例如 strain15 中的 E. albertii 污染和 strain20 中的低覆盖率。
研究结论
- EU/EEA 国家参考实验室在 STEC 分型方面表现出较高的能力，但仍有改进的空间。
- WGS 方法在 STEC 分型中的应用越来越广泛，但仍需解决质量问题，例如污染检测和 QC 参数设置。
- 需要加强对实验室的培训，以提高对低质量序列的评估能力和 WGS 数据分析的质量。
