2024年欧盟/欧洲经济区和欧盟扩大国家产志贺毒素大肠杆菌分型第十三次外部质量评估方案

核心观点

• EQA-13 覆盖了血清型分型、毒力基因检测和基于分子分型的聚类分析，旨在评估参与 FWD-Net 的国家参考实验室在病原体分型方面的能力和结果的可比性。
• 2023 年 EU 报告了 10217 例确认的 STEC 病例，其中 O157、O26、O146、O103、O145 和 O63 是最常见的血清群。
• 大多数实验室 (95%) 参与了血清型分型，其中 86% 完成了完整的 O:H 分型，平均得分为 98%。
• 所有实验室 (100%) 参与了毒力基因检测，stx1、stx2 和 eae 基因的检测成功率分别为 97%、95% 和 98%。
• 86% 的实验室参与了基于分子分型的聚类分析，所有实验室 (100%) 正确识别了预定义的密切相关菌株群。
• 参与者普遍认为 QC 评估是有价值的，但需要简化结果报告流程。

关键数据

• EU 报告的 STEC 病例数从 2022 年的 24 例/10 万人口增加到 2023 年的 31 例/10 万人口，增幅为 30%。
• 只有塞浦路斯报告了零例 STEC 病例。
• 15 个实验室利用 WGS 方法进行毒力基因检测。
• 19 个实验室利用 WGS 数据进行聚类分析。
• 63% 的参与者报告了修改后的序列存在质量问题，例如 strain15 中的 E. albertii 污染和 strain20 中的低覆盖率。

研究结论

• EU/EEA 国家参考实验室在 STEC 分型方面表现出较高的能力，但仍有改进的空间。
• WGS 方法在 STEC 分型中的应用越来越广泛，但仍需解决质量问题，例如污染检测和 QC 参数设置。
• 需要加强对实验室的培训，以提高对低质量序列的评估能力和 WGS 数据分析的质量。