第十次欧盟/欧洲经济区及欧盟扩大国家利斯特氏单核细胞增生李斯特菌分型外部质量评估方案，2023

欧洲疾病预防控制中心 监测 2023第十次外部质量评估方案对于单核细胞增生李斯特菌正在输入中欧盟/欧洲经济区及其扩员国家， 本报告由欧洲疾病预防控制中心（ECDC）委托，由Taina Niskanen（ECDC新兴、食源性和媒介传播疾病项目）协调，并由丹麦哥本哈根国家血清研究所食源性感染科Susanne Schjørring、Anne Sophie M Uldall、Kristoffer Kiil和Eva Møller Nielsen制作。 建议引用：欧洲疾病预防控制中心。第九次外部质量评估评估方案对于单核细胞增生李斯特菌在欧盟/欧洲经济区国家及欧盟扩大国家内输入，2023. 斯德哥尔摩：ECDC；2025. 斯德哥尔摩，2025年2月 ISBN 978-92-9498-777-8doi: 10.2900/6471065产品目录编号 TQ-01-25-008-EN-N © 欧洲疾病预防控制中心，2025 允许复制，前提是注明出处。 目录 缩写 ………………………………………………………………………………………………… v 摘要………………………………………………………………………………………………… 1 引言………………………………………………………………………………………………… 2 1.1 背景……………………………………………………………………………………………… 2 1.2 疆疹病毒感染监测……………………………………………………………………………………… 2 1.3 Listeria EQA-10 的目标……………………………………………………………………………………… 3 1.3.1 血清型/血清群分类……………………………………………………………………………………… 3 1.3.2基于分子分型簇分析的分子类型……………………………………………………………………………………… 3 2 研究设计………………………………………………………………………………………………… 4 2.1 组织………………………………………………………………………………………………… 4 2.2 测试菌株/序列的选择……………………………………………………………………………………… 4 2.3 菌株和序列的分配……………………………………………………………………………………… 5 2.4 测试………………………………………………………………………………………………… 6 2.5 数据分析…………………………………………………………………………………………… 6 3 结果………………………………………………………………………………………………… 7 3.1 参与………………………………………………………………………………………………… 7 3.2 血清型分类………………………………………………………………………………………………… 7 3.2.1 传统血清型分类……………………………………………………………………………………… 7 3.2.2 分子血清群分类…………………………………………………………………………………………… 8 3.3 基于分子分型簇分析的分子类型……………………………………………………………………………………… 10 3.3.1 PFGE 推导的数据……………………………………………………………………………………… 10 3.3.2 WGS 推导的数据……………………………………………………………………………………… 11 3.4 反馈调查——评估 EQA 计划……………………………………………………………………… 19 4 讨论………………………………………………………………………………………………… 20 4.1 血清型/血清群分类……………………………………………………………………………………… 20 4.1.1 传统血清型分类……………………………………………………………………………………… 20 4.1.2 分子血清群分类…………………………………………………………………………………………… 20 4.2 基于分子分型簇分析的分子类型……………………………………………………………………………………… 20 4.2.1 PFGE 推导的数据……………………………………………………………………………………… 20 4.2.3 WGS 推导的数据……………………………………………………………………………………… 20 5 结论…………………………………………………………………………………………………… 23 6 建议………………………………………………………………………………………………… 24 6.1 实验室………………………………………………………………………………………………… 24 6.2 ECDC 和 FWD-Net…………………………………………………………………………………………… 246.3 EQA 提供商……………………………………………………………………………………… 24 参考文献………………………………………………………………………………………………… 25 附录……………………………………………………………………………………………………… 26 数据 图1. 2023年参与EQA-10、欧盟/欧洲经济区及候选国家。第4页图2. 两个参与EQA-10的实验室对EQA-1至EQA-10中的三个重复菌株的正确分配的传统血清型。第7页图3. 七个L. monocytogenes测试菌株的分子血清学分型参与者得分。第8页图4. 参与EQA-10的实验室对EQA-1至EQA-10中的三个重复菌株正确分配的分子血清群数量。第9页图5. EQA-10中七个测试菌株的平均得分。第10页图6. 每个测试菌株与选定的簇代表性菌株之间的单核苷酸多态性距离或等位基因差异报告。第14页图7. 参与者FASTQ文件的核苷酸多态性分型核心基因组多位点序列类型的最小生成树。第15页图8. 根据提交的原始读数（FASTQ文件），基于相应EQA提供者结果的参与者菌株的等位基因差异（菌株1-7）。第16页 表格 表 1. 测试菌株和序列的特征 .......................................................................................5表 2. 每种方法的提交结果实验室数量和百分比...........................................7表 3. 两家参与 EQA-10 的实验室对 EQA-1 至 EQA-10 的三个重复菌株正确分配的传统血清型.................................................................................................................8表 4. 参与EQA-10的实验室对 EQA-1 至 EQA-10 的三个重复菌株正确分配的分子血清群的数目.................................................................................................................9表 5. 在 EQA-10 中基于 PFGE 数据的实验室 130 的聚类分析结果..............................10表 6. 参与者对 EQA-10 提供的修改序列质量控制评估的结果 ........11表 7. 基于 WGS 数据的聚类分析结果.......................................................................12表 8. 基于 SNP 的聚类分析结果................................................................................................13表 9. 基于等位基因的聚类分析结果..............................................................................................13表 10. 参与者报告的选定质量控制参数总结...........................................17表 11. 参与者提交并由 EQA 提供者的质量控制流程评估的原始读数结果总结............................................................................................................................................18表 12. 评估 EQA-10 的反馈调查结果 ..........................................................................19 缩写 ADBNcgMLST欧洲食品安全局（European Food Safety Authority）EQA欧盟/欧洲经济区欧洲联盟（European Union）的缩写FWDFWD-NetPFGENPHRL质量控制R1/R2单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms）SNVSSISTTESSywgMLSTWGS等位基因差异BioNumerics核心基因组多位点序列型欧洲食品安全局外部质量评估欧盟/欧洲经济区欧盟参考实验室食源性和水源性疾病及动物源性疾病食品和水源性疾病及动物源性传染病网络脉冲场凝胶电泳国家公共卫生参考实验室质量控制从配对末端运行（FASTQ文件）中读取1（正向）/读取2（逆向）单核苷酸多态性单核苷酸变异（基于cgMLST）国家血清研究所序列类型欧洲监控系统全基因组多位点序列型全基因组测序 执行摘要 本报告展示了第十轮外部质量评估（EQA-10）方案的结果。鼠伤寒沙门氏菌（L. monocytogenes）在欧盟/欧洲经济区国家以及欧盟扩大国家中，为国家级公共卫生参考实验室（NPHRLs）组织数据，提供给由欧洲疾病预防控制中心（ECDC）管理的食源性疾病和水传播疾病及动物源性传染病网络（FWD-Net）。自2012年以来，丹麦国家血清研究所（SSI）的食源性疾病部门在一系列框架合同下为ECDC组织了质量保证活动。 人型李斯特菌病是一种相对罕见但严重的食源性疾病，2022年欧洲联盟（EU）的通报率为每10万人0.62例[3]。与2021年相比，2022年病例增加了16%（分别为2,365例和2,738例），2022年的病例数甚至高于COVID-19大流行前的水平（2019年，2,621例）[3]。 自2007年以来，欧洲疾病预防控制中心（ECDC）负责欧盟范围内的李斯特菌病监测，包括促进食源性疾病爆发的检测和调查。包括某些基本分型参数在内的监测数据由欧洲联盟/欧洲经济区（EU/EEA）各国报告给欧洲监测系统（TESSy）。自2012年以来，质量保证方案已涵盖用于欧盟范围内监测的分子分型方法。 EQA-10，于2023年5月至11月进行，涉及血清型/分组和基于分子分型的聚类分析。本EQA的目的是评估参与FWD-Net的NPHRLs报告的基因分型数据的质量和可比性。为EQA选择的测试菌株旨在涵盖目前对欧洲公共卫生相关的菌株，并代表广泛的临床相关侵袭性李斯特菌类型。选择了七个测试菌株进行血清型/分组和基于分子分型的聚类分析。另外还纳入了十个序列进行基于分子分型的聚类分析。在报名