2024年欧盟/欧洲经济区和欧盟扩大国家沙门氏菌分型的第十四次外部质量评估

欧洲疾病预防控制中心评估第十四次外部质量评估沙门氏菌区以及欧盟扩大国家中输入，2024 在欧盟/欧洲经济 ii斯德哥尔摩, 2025年6月作者玛伦·兰兹尔，国家食源性疾病公共卫生参考实验室*马克斯·阿勒维恩，传染病研究与诊断中心，实验室监测*金·范德·斯瓦尔伍, 国家食源性疾病参考实验室*安霍·沃布鲁根，国家食源性疾病参考实验室*伊尔塞·祖特，国家食源性疾病参考实验室*茨拉·德贝萨什维利，国家食源性疾病参考实验室*斯约德·库里宁，国家食源性疾病参考实验室*罗克珊·沃尔蒂斯，传染病研究与诊断中心实验室监测*博阿斯·范德普滕，传染病研究与诊断中心，实验室监测中心*马伊克·范登贝尔德，国家食源性疾病参考实验室*ISBN：978-92-9498-802-7 doi：10.2900/3556237 目录编号：TQ-01-25-032-EN-N© 欧洲疾病预防控制中心，2025年。如经说明出处，可授权复制。*从：荷兰国家公共卫生与环境研究所（RIVM）传染病控制中心，比尔托亨。本报告由欧洲疾病预防控制中心（ecdc）根据框架合同ecdc/2021/014-lot 1委托，由taina niskanen协调，并由国家公共卫生与环境研究所（rivm）制作。致谢Wilma Jacobs-Reitsma和Eelco Franz为本次EQA的贡献受到认可。建议引用：欧洲疾病预防控制中心。第十四届外部质量评估沙门氏菌打字。斯德哥尔摩：欧洲疾病预防控制中心；2025。 图形表格内容图1. EQA-14参与者地理概览.................................................................................5图2. 参与实验室血清分型结果.............................................................................11图3. 按血清型分类的血清分型结果....................................................................................................12图4. 各实验室索引EQA2413在等位基因中的距离（距离<20 AD）......................................14图5. 各实验室索引EQA2413在SNP中的距离（距离<250 SNPs）...................................14图6. EQA2413-EQA2422提供者的cgMLST最小生成树...............................................15图7. 参与实验室测序样本的平均覆盖度，<100x.....................................16图8. 参与实验室测序基因组的完整性.....................................................16图9. 参与实验室测序样本中的污染情况......................................................17图10. 参与实验室测序样本中的N50值.........................................................17表1. EQA-14血清学分型部分所选质控组，包括选择理由.............................................6 表2. EQA-14基于分子聚类分析部分所选质控组.......................................................7 表3. 为WGS分析提供的额外原始测序读数...................................................................................8第十四次外部质量评估沙门氏菌在欧盟/欧洲经济区以及欧盟扩张国家输入，2024........i 缩写 ...............................................................................................................................................iv 执行摘要........................................................................................................................................1 1. 简介 ..............................................................................................................................................3 1.1 背景 ........................................................................................................................................3 1.2 葡萄球菌病的影响和监测目标....................................................................................3 1.2 微生物方法和质量评估....................................................................................4 1.3 EQA-14 的目标沙门氏菌...........................................................................................................................42.1 组织和参与者...........................................................................................................................5 2.2 样品制备.............................................................................................................................6 2.3 提供方使用的分型方法.........................................................................................................8 2.4 结果评估和报告...............................................................................................................9 2.5反馈调查...............................................................................................................................10 3 结果.....................................................................................................................................................11 3.1 血清分型结果.............................................................................................................................11 3.2 基于分子的聚类分析.........................................................................................................12 3.3 反馈调查结果....................................................................................................................18 4 讨论........................................................................................................................................19 4.1 血清分型........................................................................................................................................19 4.2 基于分子分型的聚类分析...............................................................................................20 4.3 参与者反馈....................................................................................................................22 5 结论........................................................................................................................................23 5.1 血清分型方法和能力.............................................................................................................23 5.2 基于分子分型的聚类分析方法和能力.....................................................................................23 5.3 EQA-14评估.........................................................................................................................24 6 建议.....................................