基于NGS的肿瘤全景变异检测探针设计专家共识(2026版)

基于NGS的肿瘤全景变异检测探针设计专家共识（2026版） 中国抗癌协会肿瘤病理专业委员会 通信作者：黄杰，中国食品药品检定研究院体外诊断试剂检定所，北京100050，Email：jhuang5522@126.com；周 晓 燕 ，复 旦 大 学 附 属 肿 瘤 医 院 病 理 科 ，上 海200032，Email：xyzhou100@163.com；应建明，国家癌症中心国家肿瘤临床医学研究中心中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院病理科，北京100021，Email：jmying@cicams.ac.cn 【摘要】随着肿瘤精准医学发展，基于二代测序（NGS）的肿瘤全景变异（CGP）检测成为临床诊疗的主流检测手段。然而，作为NGS检测的起始环节，探针设计尚未建立技术标准或评估体系。中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院联合中国抗癌协会病理专委会、中国食品药品检定研究院等权威机构组织临床专家、病理专家及第三方医学检验机构深入研讨，参考国内外文献，结合中国临床实践，针对CGP检测产品的目标基因及目标区域选择、基因组合方式、探针性能评估、探针变更等多个关键环节达成6条纲领性的技术共识，系统提出探针池设计全流程技术规范。共识通过探针设计标准化、多层级性能验证体系的构建及探针动态变更管理，填补了肿瘤NGS探针设计技术标准空白，为国家药品监督管理局对肿瘤NGS实验室自建方法的合规性审查提供科学依据，推动肿瘤基因检测从“临床可用”向“临床可信”转变。 【关键词】恶性肿瘤； 二代测序； 肿瘤全景变异检测； 目标基因选择； 目标区域选择；基因组合方式； 探针性能评估； 探针变更管理 基金项目：国家重点研发计划（2022YFC2409902，2022YFC2409903） Chinese expert consensus on NGS-based probe design for tumor comprehensive genomicprofiling testing (2026 edition) Tumor Pathology Committee of China Anti-Cancer Association Corresponding authors: Huang Jie, Department of In Vitro Diagnostic Reagent, National Institutes forFood and Drug Control, Beijing 100050, China, Email: jhuang5522@126.com; Zhou Xiaoyan, Departmentof Pathology, Fudan University Shanghai Cancer Center, Shanghai 200032, China, Email: xyzhou100@163.com; Ying Jianming, Department of Pathology, National Cancer Center/National Clinical ResearchCenter for Cancer/Cancer Hospital, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union MedicalCollege, Beijing 100021, China, Email: jmying@cicams.ac.cn 【Abstract】Comprehensive genomic profiling (CGP) based on next-generation sequencing(NGS) has emerged as a mainstream approach for clinical diagnosis and treatment with thedevelopment of precision oncology. However, as the first stage of NGS testing, probe design has notyet been standardized by a reliable assessment framework. In response to this unmet need, theCancer Hospital, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College, incollaboration with the Tumor Pathology Committee of China Anti-Cancer Association, the NationalInstitutes for Food and Drug Control, and other authoritative institutions, convened clinical experts,pathologists, and representatives from third-party medical laboratories for in-depth discussions onstandardization strategies. The expert panel formulated six core technical consensus statements, including the selection of target genes and regions, gene combination strategies, probe performanceevaluation, and probe updates, based on a thorough analysis of both international studies anddomestic clinical experience. For the design of the probe pool, this consensus methodically suggestsafull-process technical specification.It fills a technical gap in tumor NGS probe design bystandardizingprobe design,establishing a multi-level performance validation system,anddynamically managing probe modifications. Furthermore, it supports the shift of genomic testingfrom "clinically available" to "clinically reliable" by offering a scientific basis for the National MedicalProducts Administration's (NMPA) regulatory review of laboratory-developed tests (LDTs) foroncology. 【Key words】Malignant neoplasms;Next-generation sequencing;Tumor comprehensivegenomic profiling;Target gene selection;Target region selection;Gene combination strategy;Probe performance evaluation;Probe modification management Fund programs:National Key Research and Development Program of China (2022YFC2409902,2022YFC2409903) 识系统规范了NGS检测的样本处理、文库构建、生物信息分析及临床报告解读等关键环节。然而值得注意的是，作为NGS检测产品的初始核心环节—探针设计，目前仍缺乏统一的行业标准、临床指南或专家共识。探针设计质量直接影响探针的靶向捕获效率和均一性，从而影响检测产品的检测灵敏度与特异性。因此，建立系统的探针设计、验证及变更标准将成为保障NGS检测产品精准性和临床有效性的关键基石。 在精准医疗快速发展的时代背景下，二代测序（next generation sequencing，NGS）技术凭借其高通量特性和发现未知基因变异能力的独特优势，已成为临床实践中肿瘤基因检测的主流技术和首选方法 。 全 景 变 异（comprehensive genomic profiling，CGP）检测是一种基于NGS技术的基因检测方法，可同时评估数百个以上基因的多种类型变异，包括单核苷酸变异（single nucleotide variant，SNV）、插入/缺 失（insertion-deletion，InDel）、拷 贝 数 变 异（copy number variations，CNV） 和 结 构 变 异（structure variation，SV）等，还可以检测肿瘤突变负荷（tumor mutation burden，TMB）、微卫星不稳定性（microsatellite instability，MSI）和同源重组缺陷（homologous recombination deficiency，HRD）等复杂的基因组标志物，从而在单次检测中提供全面的肿瘤相关的基因组信息，最大限度地提高检测的全面性和准确度［1］。目前市场上涵盖全面基因组标志物 的 肿 瘤CGP检 测 产 品 均 属 于 实 验 室 自 建 方 法（laboratory developed tests，LDT），尚缺乏统一的监督管理规范。 基于肿瘤NGS基因检测产品研发规范与临床应用的迫切需求，国家癌症中心/国家肿瘤临床医学研究中心/中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院联合中国抗癌协会病理专委会、中国食品药品检定研究院，组织多学科临床专家组通过系统论证与审慎研判，针对NGS检测技术关键环节中的探针设计达成纲领性技术共识。该共识不仅为各级临床 病 理 中 心 及 第 三 方 医 学 检 验 机 构 建 立 了 基 于NGS技术的肿瘤基因检测探针设计标准化框架，更通过建立统一的技术标准，强化实验室间检测结果的可比性，进而为临床精准诊疗决策提供可验证的技术支持体系，同时为个性化医疗场景下的基因检测产品遴选提供循证依据。 近年来，我国针对肿瘤NGS基因检测产品的全流程质量管理规范，已形成多维度指导体系。中国临床肿瘤学会（Chinese Society of Clinical Oncology，CSCO）、北京市临床检验中心、中国抗癌协会肿瘤病理专业委员会等权威机构，联合临床专家、临床病理等多领域专家，相继制定了《二代测序技术在肿瘤精准医学诊断中的应用专家共识》［2］、《高通量测序技术临床规范化应用北京专家共识（第一版肿瘤部分）》［3］、《实验室自建肿瘤全景变异检测性能确认中国专家共识（2024版）》［4］、《肿瘤二代测序临床报告解读共识》［5］等多项重要指导文件。这些共 本共识采用的推荐级别见表1。 一、目标基因和区域的选择 1.目标基因的选择：检测产品的临床预期用途、基因的临床价值以及证据等级是选择目标基因的主要依据。检测产品的预期用途及基因的临床价值主要包括为临床医师及患者提供遗传筛查、辅助诊断、药物疗效预测、预后评估以及复发监测等方面的指导价值。目前，有多个针对肿瘤生物标志物 临 床 意 义 解 读 的 循 证 医 学 分 级 系 统 ，包 括 在临床意义、临床意义