基因组学成本计算工具，用户手册，第2版

核心观点

世界卫生组织（WHO）联合美国公共卫生实验室协会（APHL）、FIND、全球基金以及英国卫生安全局（UKHSA）开发了基因组成本核算工具（GCT），旨在支持病原体基因组监测，特别是具有大流行和流行潜力的病原体。该工具旨在帮助各国制定基因组监测计划，并进行预算规划和资源动员。

关键数据

• 适用范围：GCT 适用于细菌、病毒和多种病原体（capture-all）的基因组监测。
• 覆盖病原体：第二版 GCT 扩展了病原体范围，包括流感病毒、结核分枝杆菌等。
• 测序平台：支持 Illumina、MGI Tech、Oxford Nanopore Technologies（ONT）和 ThermoFisher 等测序平台。
• 成本核算：工具可计算建立和运营基因组监测实验室的成本，包括设备、生物信息学、人员、设施和运输以及质量管理等方面的费用。
• 成本构成：成本包括试剂和耗材、设备、人员培训、设施和运输以及质量管理等方面的费用。
• 成本计算：工具根据年度样本数量和工作流程步骤计算成本。

研究结论

GCT 是一个灵活且可定制的工具，可以帮助各国了解实施或继续下一代测序（NGS）计划的财务影响。工具的输出结果可以帮助决策者进行预算规划和资源动员，并优化基因组监测计划的成本效益。

局限性

• 平台和试剂盒选择：工具中的平台和试剂盒列表可能无法完全反映最新的技术发展。
• 试剂盒兼容性：用户需要自行确保所选试剂盒与测序平台兼容。
• 预填数据：用户需要检查预填数据的准确性，并自行输入当地价格。
• 建立成本：建立成本不包括实验室空间、人员和其他相关费用。
• 多功能设施和交叉培训人员：工具难以准确评估多功能设施和交叉培训人员对成本的影响。