基因组学成本计算工具

基因组学成本计算工具用户手册概览

主要内容与关键数据：

• 工具概述：基因组学成本计算工具（GCT）是一个Microsoft Excel工具，旨在帮助实验室、决策者、卫生行政人员和经济学家等了解实施或持续实施基因组测序计划的财务影响。

• 工具功能：

  • 根据每种测序平台（Illumina MiSeq和Oxford Nanopore Technologies（ONT）MinION）的不同样本吞吐量计算成本。
  • 提供不同实验室场景的示例，如不同样本吞吐量和平台选择。
  • 支持用户输入信息，包括但不限于测序样本数量、测序平台、试剂和耗材、设备、人员、设施成本等。

• 工作表结构：

  • 数据输入和结果：用于输入数据和显示最终成本。
  • 试剂和耗材：列出与测序流程相关的具体物品及其成本。
  • 设备：记录设备成本、维护合同等。
  • 人员和培训：涵盖人员工资和培训费用。
  • 设施和运输：涉及设施运营和样品运输相关费用。
  • 生物信息学：与生物信息学流程相关成本。
  • 质量管理：包括认证、质量控制等活动的成本。

• 用户指南：

  • 强调了正确的数据输入顺序、平台选择、吞吐量估算、试剂和耗材选择的重要性。
  • 提醒用户在使用不同平台版本时重新选择平台选项，以避免成本计算的不兼容性。
  • 提供了工具的局限性说明，如无法准确捕获欠载运行成本的情况。

• 贡献者与支持：

  • 多个国际组织合作开发，包括公共卫生实验室协会（APHL）、创新诊断基金会（FIND）、全球抗击艾滋病、结核病和疟疾基金（TGF）、英国卫生安全局（UKHSA）和世卫组织（WHO）。
  • 支持来自多个区域的公共卫生实验室，以验证工具的有效性。

• 认可与贡献：

  • 提到了在制定和出版过程中做出贡献的个人和团队，包括协调者和专家审查员。

• 审查与合作：

  • 通过与多个区域的公共卫生实验室合作，确保工具的实用性和适应性。

总结：

基因组学成本计算工具（GCT）是一个多机构合作开发的Excel工具，旨在提供一个全面的框架，帮助决策者和实验室准确估算基因组测序项目的成本。该工具涵盖了从设备购置到人员培训、试剂和耗材、设施成本等各个方面的预算规划，适用于不同规模和需求的实验室。通过提供详细的输入要求和工作表结构，GCT旨在简化成本计算过程，促进资源的有效分配和利用。此外，通过与其他国际组织和实验室的合作，该工具得到了广泛的验证和改进，以适应全球基因组监测的需求。