基因组学成本计算工具

用户手册第一版 基因组学成本计算工具 用户手册第一版 这是一份草案，供所有有关各方审查，以便就案文草案进行协商。本文档的内容不是最终的，文本可能会在发布前进行修订。未经世界卫生组织许可，不得以任何形式或任何方式部分或全部审查、摘要、引用、复制、传送、分发、翻译或改编本文件。 Contents Acknowledgments 关于工具的一般指导 输入要求工具的结构颜色编码语言选择使用该工具的其他注意事项 完成工作表 数据输入和结果试剂和耗材Equipment人员和培训设施和运输生物信息学质量管理对输出/结果进行成本核算 工具的局限性 Acknowledgments 基因组学成本计算工具（GCT）及其用户手册由五个机构共同开发：公共卫生实验室协会（APHL），创新新诊断基金会（FIND），全球抗击艾滋病，结核病和疟疾基金（TGF），英国卫生安全局（UKHSA）和世卫组织。 领导与协调 世卫组织为制定和出版《全球CT》提供了领导和协调，由Joanna Salvi Le Garrec (Zwetyenga) (世卫组织欧洲区域办事处，丹麦哥本哈根)和Oluwatosin Wuraola Akande (世卫组织，瑞士日内瓦，流行病和大流行病防范和预防司)提供了协调和技术领导。 贡献者 GCT工作组的以下成员通过为GCT及其用户手册的技术概念，开发，编写和审查做出了大量的智力投入：Baba Afrogh（UKHSA，伦敦，大不列颠及北爱尔兰联合王国），Olwatosi Wraola Aade（瑞士流行病和大流行准备和预防部，瑞士，世卫组织，日内瓦，日内瓦，瑞士），世卫组织，丹麦，哥本哈根，丹麦 以下内容为该工具的范围界定和审查提供了支持：C é lie Baradas（加强国家准备工作，世卫组织里昂办事处，里昂，法国），Sebastie Bro Fra ç ois Cogat（加强国家准备工作，世卫组织里昂办事处，里昂，法国），简·坎宁安（世卫组织流行病和大流行准备和预防部，瑞士日内瓦），Leea Iamdar（UKHSA，伦敦，联合王国），Aila Kre（UKHSA，伦敦，联合王国），Dmitriy Pereyaslov（流行病和大流行准备部），瑞士日内瓦，瑞士，瑞士，日内瓦，瑞士，瑞士，瑞士 外部审稿人 GCT工作组要感谢参与试点活动的所有公共卫生实验室的合作努力，这些实验室为验证GCT做出了贡献。 非洲区域 Rexford Adade（加纳阿克拉国家公共卫生和参考实验室加纳卫生服务局），Bright Adu（加纳阿克拉野口纪念医学研究所），Ivy Sarfo Agyemang（加纳阿克拉野口纪念医学研究所），Miriam Appiagyei（NoguchiMemorial Istitte for Medical Research, Accra, Ghaa), Kwame Asate (Associatio of Pblic Health Laboratories, Acccra,Ghaa), Gifty Boateg (Natioal Pblic Health ad Referece Laboratory,加纳阿克拉，加纳卫生局），Kwame BoamahBabeg（加纳阿克拉，Nogchi医学研究所纪念研究所），Gracha Gyo（加纳阿克拉，加纳国家办事处），Fracis Kasolo（加纳阿克拉，加纳阿克拉，加纳国家办事处），Nicsy Gmede - Moeletsi（世卫组织非洲区域办事处，加纳和平研究所，阿库扎伊尔， 东地中海地区 Haa Al Kidi（卫生部中央公共卫生实验室，阿曼马斯喀特），Yathrib Al Zawai（卫生部中央公共卫生实验室，阿曼马斯喀特），Amal Baraat（世卫组织东地中海区域办事处，埃及开罗），Rajesh Kmar（阿曼马斯喀特公共卫生实验室协会），Le William Meredith（世卫组织东地中海区域办事处，埃及开罗）。 欧洲地区 Altyn Iskakova (吉尔吉斯斯坦比什凯克国家结核病参考实验室)、Gulmira Kalmambetova (吉尔吉斯斯坦比什凯克国家结核病参考实验室)、Kaliya Kasymbekova (吉尔吉斯斯坦比什凯克世卫组织国家办事处)、MeerbubuSydykova (吉尔吉斯斯坦比什凯克国家结核病参考实验室)。 Introduction 在基因组测序取得的进展、进一步应用基因组测序的全球势头以及世界卫生大会第74.7号决议提供的政治动力的基础上，世卫组织启动了2022 - 2032年具有大流行和流行病潜力的病原体全球基因组监测战略(1)。该全球战略提供了一个高层次的统一框架，以加强基因组监测能力，以便在地方到全球监测系统内采取高质量、及时和适当的公共卫生行动。与该战略的目标1（改善获得更好的地理代表性工具的机会）相一致，对建立，扩大规模或运行基因组学实验室的支出和实际成本进行全面概述至关重要。 该基因组学成本计算工具（GCT）建立在更好的实验室促进更好的健康倡议（2）的实验室测试成本计算工具的基础上。世卫组织与APHL，FIND，TGF和UKHSA合作开发了GCT。 Purpose 该工具目前促进了与SARS - CoV - 2基因组监测相关的基础设施，劳动力，生物安全和质量保证的预算和资源动员。该工具的后续版本将与病原体无关，因此可以用于更全面地成本基因组监测。 目标受众 该工具将对国家，区域和全球决策者，卫生行政人员和经济学家，实验室主任，质量管理人员，捐助机构和从事重点病原体基因组监测的其他利益相关者有用。 软件要求 GCT是Microsoft为Windows、macOS、Android、iOS和iPadOS开发的基于Microsoft Excel的工具。该工具与Microsoft Excel 2016或更高版本兼容。用户必须具有以下 安装的软件：Microsoft Excel 2016、2019或Microsoft 365。该文件与以下操作系统兼容：Windows 10或更高版本以及MacOS 10.12 Sierra或更高版本。使用该工具不需要Internet连接；但是，下载Microsoft Excel更新或外部数据源（如果适用）可能需要Internet连接。 提供这些系统要求是为了确保使用该工具时的无缝体验，满足这些要求对于充分利用该工具的特性和功能至关重要。 附加说明 用户应该熟悉基本的Microsoft Excel函数和公式。为了保护工具免受潜在威胁，请确保系统具有最新的防病毒软件。为了防止数据丢失，请定期备份Excel文件。 如何使用该工具 关于工具的一般指导 输入要求 用户要求使用GCT的项目和费用： 1.去年测序的SARS - CoV - 2样本数量： 如果去年的吞吐量不能准确反映最近吞吐量的增加或减少，请使用基于最近每月吞吐量的年度估计值。 2.用于对SARS - CoV - 2进行测序的测序平台。 3.每年工作周数。 4.用于SARS - CoV - 2测序工作流程的试剂和消耗品清单，以及去年使用的价格（从采样到分析数据）和数量。 5.用于对SARS - CoV - 2进行测序的所有设备清单（从采样到分析数据），包括设备年限，价格和设备专门用于SARS - CoV - 2测序活动的时间比例（以百分比列出）。 6.所有设备维护合同清单（从抽样到分析数据），并附有价格。 7.所有参与SARS - CoV - 2测序和生物信息学的人员名单，以及最近一年的工资和培训费用（从采样到分析数据，如果由实验室进行采样）。 8.所有与设施相关的费用清单，以及去年的价格（租金，建筑维护，燃气和供暖，水，电，互联网，电话，废物管理，发电机维护，通风系统维护，发电机燃料）。 9.去年与SARS - CoV - 2测序相关的样品运输费用，包括任何与海关相关的费用。 10.去年SARS - CoV - 2测序目的的QMS（认证、外部质量评估等）成本。 可能需要向会计，采购或其他支持办公室索取一些所需的信息。 工具的结构 GCT是一个Microsoft Excel电子表格，有七个工作表，用于根据年样本吞吐量计算SARS - CoV - 2测序成本。手册中包含了每个工作表的描述，以及相应工作表中每个表的数据输入要求的详细说明（图1）。 注意：更改或重命名工作表和单元格标签将导致计算错误，并影响结果。不建议这样做。 颜色编码 桃色单元格是预填充的,有些包含公式;然而,如果桃色单元格包含与用户数据不同的值,则应相应地进行更改。 表1：GCT数据单元的颜色编码、内容和用户要求 GCT数据单元的颜色编码、内容和用户要求 注意：预填充的桃色单元格可能包含公式。如果需要，您可以编辑单元格的内容；但是，这样做会导致公式丢失，您需要使用该工具的新副本来计算不同方案的成本。 语言选择 “数据输入和结果”工作表包含一个用于语言选择的下拉菜单。对于该工具的当前版本，可以使用英语和俄语（图2）。 使用该工具的其他注意事项 如果该工具用于花费不同的实验室场景(例如Procedre，600 vs 1200样品吞吐量或使用一个平台vs另一个平台），建议从新的，未使用的工具副本开始。如果在工具的初始使用过程中删除了任何公式（i。Procedres.，以更新实际数量与工具为任何试剂自动填充的数量），如果在后续使用过程中未更新这些单元格，则无法使用该工具的新副本可能会导致成本准确性错误。实验室可以选择使用GCT的四个场景示例可以在附件1中找到。 注：如果选择了新的平台或吞吐量，“数据输入和结果”工作表中的下拉菜单选项不会刷新；因此，如果同一文件用于不同的方案，选项将保持填充状态，必须手动重新选择。不这样做可能会导致不兼容的组合(e.Procedre，与平台不相容的试剂）。如果在工具中生成新的成本计算方案，则必须对工具中的每一行进行审查，以确保准确的成本计算。 该工具有助于用户和决策者了解实施或继续实施NGS计划的财务影响。强烈建议在实验室或工作流程（例如，Procedre，聘用生物信息学家，给员工加薪，采购新设备，试剂成本发生变化）。这将确保该工具提供最可靠的估计。 一次只能考虑一个测序平台（即Illumina MiSeq）。如果实验室使用一个以上的测序平台（即Illumina MiSeq和ONT MinION）进行常规测序 对于SARS - CoV - 2，该工具将需要为每个测序平台单独填写。该工具的一个版本将在第一个平台上完整完成。对于其他测序平台，打开未使用的工具副本，并完成“数据输入和结果”，“试剂和耗材”和“设备”工作表，确保输入的所有数据都特定于该平台。特别地,用于每个单独平台的吞吐量应当在工具的每次使用中在“用户输入”表中注明。对于后续平台，应省略“人员和培训”，“设施和运输”，“生物信息学”和“质量管理”工作表，因为这些数据将在GCT首次完成时捕获，并且该信息不会根据使用的平台而改变。例如,用于测序工作流程的聚合酶链式反应(PCR)试剂盒、生物安全柜(BSC)等将不需要在用于替代平台的工具的第二版本中考虑,并且可以被列为数量“0 ”。要计算实验室测序程序的最终成本，请编译所有版本的结果。 工具。将来，此工具的升级版本将允许在该工具的同一迭代中使用多个平台。如果实验室具有完全相同的测序平台的多个仪器(i.Procedres.，两个或多个Illmia MiSeqs），这可以在“设备”工作表中表示。注意,如果将额外的测序仪器添加到“设备”工作表中,“数据输入和结果”工作表上的消息“可能需要具有更高通量的平台”将不会消失。 包含Illumina和ONT平台 Illumina和ONT测序平台在GCT中可用。GCT工作组调查了来自GISAID的数据以确定所使用的测序平台。这是全球最常用的两个制造商，