2023年欧盟/欧洲经济区李斯特菌病年度流行病学报告
流行病学对于多国微生物聚集性检测，聚集性单核细胞增生李斯特菌被定义为来自至少两个不同欧盟/欧洲经济区国家的菌株组，在单链分析中，cgMLST差异等位基因数不超过四个。此等位基因阈值可被修改，以进一步调查检测到的集群，并寻找可能具有流行病学关联的菌株。除欧盟/欧洲经济区国家提交用于TESSy的李斯特菌病暴发集群检测的WGS数据外，ECDC还收集和分析与多国暴发调查相关的序列数据，其中也可包含来自非欧盟/欧洲经济区国家的序列。2023年，30个欧盟/欧洲经济共同体国家报告了2 993例李斯特菌病确诊病例。这是自欧盟/欧洲经济共同体级别监测开始以来报告的最高的年度病例数。欧盟/欧洲经济共同体的报告率为每10万人0.67例（表1）。德国、法国和西班牙报告的病例最多（分别为663、538和428例），占欧盟/欧洲经济共同体报告病例总数的54.4%。芬兰、瑞典和葡萄牙的发病率最高（表1）。图1展示了特定国家的每10万人报告率。由欧洲疾病预防控制中心（ECDC）和欧洲食品安全局（EFSA）[5] 主办的一体化健康全基因组测序系统，允许搜索与人类分离株群匹配的遗传相近的非人类分离株。非人类数据由欧盟各国食品管理机构向EFSA提交的序列数据以及公共序列库的数据组成。对于所有分离株，使用BSR-Based Allele Calling Algorithm（chewBBACA）版本2.8.5（https://github.com/B-UMMI/chewBBACA) 巴斯德研究所方案[4]由chewie命名服务器提供https://chewbbaca.online/species/6自2022年底以来，欧洲疾病预防控制中心（ECDC）检测到所有人类分离群都被每周使用cgMLST七种不同等位基因的截断值查询欧洲食品安全局（EFSA）的WGS数据库系统，以至少一个人群分离株为目标。2023年，欧洲疾病预防控制中心（ECDC）继续通过基于菌株的数据收集，在全欧盟/欧洲经济区范围内开展增强型李斯特菌病监测工作，该工作始于2019年3月。子类型单核细胞增生李斯特菌是采用表型方法进行，其中血清型被指定，或采用PCR方法进行，其中相应的血清群被指定，或者可以从全基因组测序（WGS）数据中推导出来。这些数据被汇编在欧洲监测系统（TESSy）中，例如血清型1/2a与报告为血清群IIa的数据相结合。欧盟/欧洲经济区国家可以通过基于病例的数据收集报告七基因多位点序列类型（ST）。ST单核细胞增生李斯特菌比血清群/血清型具有更高的区分能力。此外，ST被推导计算机模拟从例行提交测序用于 WGS 增强李斯特菌监测的国家 WGS 数据中，但未通过基于病例的数据收集报告 STs。对于聚类检测，原始测序数据或组装数据由欧洲联盟/欧洲经济区国家提交。序列分析在欧洲疾病预防控制中心使用BioNumerics版本7.6.3（Applied-Maths，比利时Sint-Martens-Latem）进行。原始测序数据的分析包括使用默认的BioNumerics 7.6.3设置进行修剪；从头开始使用SPAdes版本3.7.1进行组装；通过将读取结果重新映射回组装结果并保留共识序列（使用SPAdes版本3.7.1中实现的MismatchCorrector）进行后组装优化。使用BLAST参数的默认设置进行等位基因检测。在BioNumerics中，根据巴斯德研究所方案[4]进行基于组装的等位基因检测，执行核心基因组多位点序列分型（cgMLST）分析。如果至少检测到1,574个（90%）的1,748个核心位点，则保留分离株进行分析。包含了一种汇总报告格式，用于计算病例数和报告率，以及当数据可用时疾病趋势、年龄和性别分布。对于妊娠相关病例，仅报告母亲作为病例。 2 2019年至2020年病例数量之间，随后病例数量增加（图2）。在2019年至2023年一直报告李斯特菌病病例的欧盟/欧洲经济区国家，出现了下降李斯特菌病病例通常在夏季月份达到高峰，如2023年的观察结果所示。李斯特菌病的月度病例数在所有月份都高于前些年的平均水平，尤其是3月和10月（图3）。2023年，绝大多数（96.6%）李斯特菌病病例住院（在1592例信息可用的病例中，有1538例），这与往年情况相同。有1739例病例报告了结局，其中340例（19.6%）死亡。 图3.按月统计的确诊李斯特菌病病例，欧盟/欧洲经济区，2023年和2019-2022年来源：奥地利、比利时、塞浦路斯、捷克共和国、丹麦、爱沙尼亚、芬兰、法国、德国、希腊、匈牙利、冰岛、爱尔兰、意大利、拉脱维亚、卢森堡、马耳他、荷兰、挪威、波兰、葡萄牙、罗马尼亚、斯洛伐克、斯洛文尼亚、西班牙和瑞典的国家报告。来源：奥地利、比利时、塞浦路斯、捷克共和国、丹麦、爱沙尼亚、芬兰、法国、德国、希腊、匈牙利、冰岛、爱尔兰、意大利、拉脱维亚、卢森堡、马耳他、荷兰、挪威、波兰、葡萄牙、罗马尼亚、斯洛伐克、斯洛文尼亚、西班牙和瑞典的国家报告。 5 6图4. 每10万人确认的利斯特菌病病例，按年龄和性别划分，欧盟/欧洲经济区，2023年在那些有性别信息的确诊病例中（N=2 992），58.4%为男性，41.6%为女性，对应男女性别比为1.4:1。最受影响的年龄段为64岁以上人群（2 116例；70.8%，报告率为每10万人中2.2例）。2023年报告了107例妊娠相关李斯特菌病病例。其中15例导致流产或新生儿死亡（41.1%的妊娠相关病例报告了妊娠结局）。来源：奥地利、比利时、保加利亚、克罗地亚、塞浦路斯、捷克、丹麦、爱沙尼亚、芬兰、法国、德国、希腊、匈牙利、冰岛、爱尔兰、意大利、拉脱维亚、列支敦士登、立陶宛、卢森堡、马耳他、荷兰、挪威、波兰、葡萄牙、罗马尼亚、斯洛伐克、斯洛文尼亚、西班牙和瑞典的国家报告。 在cgMLST中，所有四个等位基因中的任何 isolate 都至少与其他 cluster 中的一个 isolate 存在关联。WGS增强监测微生物监测2023年，八个欧盟/欧洲经济区国家（奥地利、爱沙尼亚、匈牙利、爱尔兰、卢森堡、挪威、瑞典和斯洛文尼亚）通过TESSy病例报告系统报告了247株菌株的ST数据。除此之外，ST还可以确定计算机模拟从比利时、芬兰、葡萄牙和西班牙提交的WGS数据中，共428株分离株。总共，22.6%（675株分离株）的确诊病例有ST信息。最常见的ST为ST1（n=99），与2022年和2021年开始收集ST数据时相似。第二和第三常见的ST为ST37（n=58）和ST7（n=39）。图 5。数字李斯特菌属单核细胞增生李斯特菌基因组多国集群中分离的菌株*（n=161），截至2023年底检出2023年，17个欧盟/欧洲经济区国家报告了血清型别和血清群数据（奥地利、比利时、捷克、法国、德国、希腊、匈牙利、爱尔兰、立陶宛、卢森堡、荷兰、挪威、葡萄牙、罗马尼亚、西班牙、瑞典和斯洛文尼亚）。最常见的血清群为IVb（47.8%），其次是IIa（41.7%）、IIb（9.0%）和IIc（1.6%），这些病例中有42.8%提供了血清型别或血清群数据（1282/2993病例）。数据完整性较前一年显著提高，当时只有14个欧盟/欧洲经济区国家报告了23.3%的病例的血清型别或血清群。截至2023年底，TESSy数据包含161个多国聚集群，共1 358个分离株，每个聚集群的中位数为4个分离株（范围2–98），每个聚集群的中位数为2个国家（范围2–10）。对于有首末分离株日期信息的141个聚集群，中位聚集群持续时间（从最老的分离株到最新的分离株的时间）为2.9年（范围从1天到14.8年）。总共，161个跨国聚集群中有64个（39.8%）在2023年底有匹配的非人类分离物。其中，490个分离物来自国家食品安全机构，539个来自公共序列库。检测到的包含非人类分离物匹配的跨国聚集群可以通过EpiPulse中的分子分型工具，与同一聚集群中的人类分离物提交者一起可视化（https://epipulse.ecdc.europa.eu/typing/explore/).九个欧盟/欧洲经济区国家（奥地利，比利时，芬兰，冰岛，卢森堡，葡萄牙，斯洛文尼亚）,西班牙、瑞典)提交单核细胞增生李斯特菌用于790株分离物在2023年的WGS数据至TESSy。此外，七个国家（丹麦、德国、法国、意大利、荷兰、英国）,并与美国)提交了序列数据以支持从114个分离株中进行的持续多国疫情调查。当与TESSy中所有可用的序列进行比较时，年内发现了十新的跨国聚集。此外，282个分离株与在2023年前检测到的跨国聚集相匹配。来源：来自奥地利、比利时、保加利亚、捷克、丹麦、爱沙尼亚、芬兰、法国、德国、希腊、匈牙利、冰岛、爱尔兰、意大利、立陶宛、卢森堡、马耳他、荷兰、挪威、波兰、葡萄牙、罗马尼亚、斯洛伐克、斯洛文尼亚、西班牙、瑞典和联合王国的数据。 7 讨论爆发及其他威胁公共卫生影响2023年，有6个不同的欧盟/欧洲经济区国家、欧洲疾病预防控制中心和一个非欧盟/欧洲经济区国家在EpiPulse中启动了12起李斯特菌病事件。其中，对于这7起事件，没有发现欧盟/欧洲经济区的多国方面。在5起多国事件中的4起，报告了可能的原因为单核细胞增生李斯特菌菌株ST1、ST9、ST10、ST87、ST155、ST504和ST1607（这些事件中有一个涉及四种不同的ST）。三个事件的可能来源是即食鱼类产品，一个事件的来源是熟黑橄榄。针对其中一个与事件相关的ECDC-EFSA联合快速暴发评估报告已发布。单核细胞增生李斯特菌ST155在即食鱼产品中 [6].2023年，有10个欧盟/欧洲经济共同体国家向欧洲食品安全局（EFSA）年度动物疫病数据收集报告了21起食源李斯特菌病爆发，涉及163例病例[7,8]。与2022年相比，这是减少了17起爆发（减少了45%）。七个报告的爆发中提供了血清型信息：其中五个为IVb血清型，两个为1/2a血清型。五个爆发中提供了序列类型（ST）信息（ST1、ST4、ST8、ST10和ST91）。在所有九起强证据食源爆发中均报告了食物传播媒介：其中三个爆发与鱼类和鱼类产品有关，两个与即食猪肉产品有关，各有一起与牛奶制成的奶酪、熟火腿、牛奶和餐桌橄榄有关[7,8]。欧洲的李斯特菌病发病率正在上升，自2007年报告开始以来，截至2023年，欧盟/欧洲经济区（EU/EEA）的病例数已达到历史新高。从2019年到2023年，在所有欧盟/欧洲经济区国家中观察到李斯特菌病例的逐步增加，据报道存在统计学上显著的上升趋势，并且没有国家显示出下降趋势[7]。李斯特菌病是欧盟监测的食源性疾病中住院人数和死亡病例最多的一种 [7]。欧盟对李斯特菌病的监测涵盖疾病的严重侵袭性形式，这些形式主要影响老年人、免疫功能低下人群、孕妇和婴儿。李斯特菌病也可能以较轻的形式出现，引起胃肠道症状，但这些病例通常在欧盟/欧洲经济区国家不会被诊断和报告。2022年启动的ECDC-EFSA“一个健康”WGS系统加快了序列共享和分析流程，并促进了在多国爆发期间从微生物比较中提出假设。从公共序列库中纳入非人类WGS数据为分析提供了全球背景。到2023年底，超过三分之一的跨国人型簇与非人类数据有匹配。2023年，有九个国家报告了欧盟/欧洲经济区范围内基于全基因组测序增强的李斯特菌监测数据，这比2022年只有五个国家提交数据有了显著改善。自全基因组测序数据向TESSy报告以来，截至2023年底，已有27个欧盟/欧洲经济区国家和英国提供了序列数据。从这些数据中检测到的微生物跨国群显示，尽管这些群组往往规模较小，仅影响少数国家，但它们通常持续数年，甚至数十年。荷兰研究人员也已发表关于可能源于持续来源的持续数十年之久的微生物群组的数据[9]。微生物集群性检测工作结合其他相关数据（例如食物分离物的序列和病例/家属拖网访谈中的暴露数据），有助于确定感染源并允许实施控制措施，以降低欧盟/欧洲经济区这种严重疾病的负担。由于脆弱人群（即老年人、孕妇、新生儿以及免疫系统受损的成年人）
