2010—2019年，国家自然科学基金（NSFC）对“双一流”高校的资助力度持续增长，资助项目数量达132 809项，总经费8 895 535.88万元。其中，面上项目是主要资助类别，占比47%；青年科学基金项目增长迅速，为青年科研人才提供有力支持。
从学部层面看，工程与材料科学部和医学科学部获资助经费最多，分别占比近20%；生命科学部、信息科学部和管理科学部经费增长最快，增幅均超200%。各学部内部高校资助情况存在差异：数理科学部、化学科学部和地球科学部梯队建设相对均衡；信息科学部、生命科学部和管理科学部呈现“马太效应”，顶尖高校与普通高校差距明显；工程与材料科学部中清华大学和医学科学部中上海交通大学资助经费遥遥领先。
42所“双一流”高校受NSFC资助情况差异显著，北京大学、上海交通大学、清华大学和浙江大学形成第一梯队，资助经费总额占26.18%。区域分布上，NSFC基金经费集中于华东、华北等经济发达地区，华南地区涨幅最大。
各学部内部，北京大学、中国科学技术大学在数理科学部领先；北京大学在化学科学部领先，浙江大学在项目数量上领先；中国农业大学、浙江大学和北京大学在生命科学部领先；中国海洋大学和北京大学在地球科学部领先；清华大学在工程与材料科学部遥遥领先；清华大学在信息科学部领先，电子科技大学在项目数量上领先；清华大学和北京大学在管理科学部领先；上海交通大学在医学科学部领先。
研究结论指出，NSFC为“双一流”高校基础学科建设和基础研究创新能力提升做出积极贡献，但高校间科研实力差距和区域分布不均衡问题依然存在。需优化“双一流”学科布局，加大基金资助区域统筹力度，加快关键核心技术攻关，以推动我国科技创新与进步，建设科技强国。
