企业经营中需要缴纳的税种包括增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育费附加、印花税、个人所得税、企业所得税等。企业在经营过程中需要注意避免违法违规行为，如利用个人账户、微信、支付宝等收取货款来隐匿部分收入，或存在大额收款迟迟不开发票等。此外，企业还需要关注收入、成本费用、税负率、社保入税等方面的风险。企业应确保收入方面风险、费用风险、企业利润等方面符合相关法规要求，同时应关注税负率、社保入税等方面的变化，避免违法违规行为。
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