黄岩岛珊瑚礁生态系统总体良好,造礁石珊瑚覆盖面积保持稳定,种类丰富,分布有13科36属135种,覆盖率较高但区域差异明显,东北部最高达38.8%。生态系统内鱼类和大型底栖无脊椎动物种类丰富,共发现27科182种鱼类和多种经济物种,砗磲种类多、分布密度高。潟湖北部有连片繁茂海草,面积约1.85平方千米。国家级自然保护区范围内造礁石珊瑚平均覆盖率达38.8%,珍稀濒危野生动物种类丰富,共发现94种,包括绿海龟、玳瑁等国家级保护动物。
生态系统面临多重威胁:海表温度异常升高导致珊瑚热白化,2024年珊瑚热白化二级预警记录天数超过40天,部分珊瑚死亡;长棘海星暴发风险存在,西部和南部已有珊瑚受损迹象;热带气旋袭击频繁,2020年强台风“环高”可能造成破坏;菲律宾等国历史非法军事活动对珊瑚礁造成严重破坏,近年非法捕捞和侵闯活动持续威胁生态系统健康。
黄岩岛国家级自然保护区设立后,通过严格保护管理和生态修复,将有助于维持和提升珊瑚礁生态系统的多样性、稳定性、持续性。未来将建立常态化预警监测机制,持续开展调查研究和生态保护修复工作。