罗马尼亚医疗机构对产新德里属 β 内 蛋白酶(NDM) 1 的 Providencia stuartii 的快速调查(汉)

新德里产金属 β - 内酰胺酶(NDM) - 1 的快速调查Providencia stuartii在罗马尼亚的医院 2024 年 11 月 Summary 本报告描述了在罗马尼亚六家医院进行的一项流行病学和基因组学研究的结果，以确定某种疾病的传播程度。Providencia stuartii携带bla大多数提交的 74P. stuartii NDM-1. isolates 对青霉素、头孢菌素、碳青霉烯类、阿米卡星和左氧氟沙星表现出耐药性。几乎所有分离株与感染相关（按频率递减顺序排列），依次为下呼吸道感染、泌尿道感染、多部位/全身感染、血液感染、皮肤和软组织感染，这表明检测到的多重耐药具有临床相关性。P. stuartii住院患者的分离株。 我们识别出四个多医院集群，这些集群包括从2021年12月到2023年9月的孤立病例，这些病例在超过一年的时间内被检测到，表明持续且持续的传播。P. stuartii携带bla内NDM-1 罗马尼亚的医疗系统。聚类包括来自多达四个医院和三个不同地区的分离株，表明存在跨区域传播。系统发育树显示，多个聚类属于不同的分支，这表明P. stuartii携带bla已经在医院中流通和多样化NDM-1 罗马尼亚在更长的时期内与以前的报告一致。 三个多医院集群是由特定的P. stuartii序列类型（ST）46谱系携带金属β-内酰胺酶（MBL）基因。在国际背景下调查这一谱系表明，它已经在九个国家被检测到，即保加利亚、法国、德国、爱尔兰、荷兰、罗马尼亚、瑞士、英国和美国。属于这一谱系的分离株携带着一套广泛的耐药性决定子，并且在罗马尼亚表现出持续的医院相关性和跨区域传播超过一年。这表明该谱系能够定植并有效传播至宿主，在本研究中，大多数分离株与感染有关（尽管这部分可以归因于选择标准倾向于临床样本分离株）。所有这些特征构成了定义国际高风险克隆的标准之一。 虽然 ， 在欧盟 (EU) / 欧洲经济区 (EEA) 国家 ，P. stuartii携带bla最初NDM-1 在与乌克兰患者转移相关的情况下被检测到时引起了关注，目前有证据显示该病原体在东欧和巴尔干地区更广泛的传播，包括保加利亚（发表的基因组分析）、希腊（发表的研究）、匈牙利（报告的流行病学联系）、北马其顿（报告的流行病学联系）、罗马尼亚（本报告）以及塞尔维亚（描述的流行病学联系）。然而，目前的证据仍然有限，还需要进一步的研究来确定该病原体传播的程度。P. stuartii在东欧和巴尔干地区 ， 以及P. stuartii高风险克隆。然而 ， 从公共卫生的角度来看 ， 目前关于传播的证据P. stuartii， 包括在罗马尼亚医院的持续传播 ， 足以警告P. stuartii携带MBL基因进一步在欧盟/欧洲经济区的医疗系统中传播，并对患者产生相关的不良后果。 建议引用：欧洲疾病预防控制中心. 新德里金属洛毒素酶（NDM-1）生产菌快速调查研究.Providencia stuartii在罗马尼亚的医院。 2024 年 11 月。斯德哥尔摩 ： ECDC ； 2024 年。 斯德哥尔摩 ， 2024 年 11 月 ISBN 978-92-9498-759-4doi: 10.2900/6948748目录号 TQ - 01 - 24 - 015 - EN - N图片来源 ： Erasmus MC - 微生物画布 www. microbe - canvas. com 背景 欧洲联盟（EU）/欧洲经济区（EEA）对碳青霉烯酶产生肠杆菌科（CPE）的分子监测及相关暴发调查迄今主要集中在肺炎克雷伯菌 and大肠杆菌作为CPE（条件性致病菌）中最常见的种类[1-3]。然而，国家研究[4]以及欧洲疾病控制与预防中心（ECDC）在2023年对欧盟/欧洲经济区（EU/EEA）范围内CPE流行病学情况的问卷调查中未发表的结果显示，产碳青霉烯酶 isolate 来自多个其他Enterobacterales 属和其他物种，包括柠檬酸杆菌spp.,肠杆菌spp.，氧化克雷伯菌 ， 变形杆菌spp.,普罗维登西亚spp. and沙雷氏菌spp 。报告的频率越来越高 ， 需要进一步调查。 在2023年1月，荷兰国家参考实验室（NRL）报告称新德里金属酶（NDM）产酶菌株的数量有所增加。Providencia stuartii通过 ECDC 的 EpiPulse 平台分离。其中 ， 多药耐药的基因组簇P. stuartii从与乌克兰有关的患者中通过全基因组测序（WGS）鉴别出了分离株。作为回应，其他欧盟/欧洲经济区国家报告了产NDM酶病例的情况。P. stuartii有和没有链接到乌克兰.这导致各国之间共享流行病学和全基因组测序（WGS）数据，开展联合调查以确定碳青霉烯酶生产菌跨境传播的程度。P. stuartii在欧洲。分析P. stuartii来自 10 个欧盟 /欧洲经济区国家的分离株显示出与乌克兰有联系的分离株聚集 [5] 。 ECDC收到的关于欧盟/欧洲经济区耐碳青霉烯类细菌（NDM-producing）流行病学情况的上述问卷回复数据显示，罗马尼亚报告了355例病例。P. stuartii从2018年至2022年，这些参与的EU/EEA国家检测频率最高。这些病例最初源自同一个七家医院，由于这些医院具备检测NDM的能力（未发表的数据）。NDM-1生产菌的传播情况如下：P. stuartii在之前的一项研究中，基于2016年1月到2017年9月收集的77个分离株，在五个罗马尼亚医院也有所报道[6]。然而，通过结合全基因组测序（WGS）和近期分离株的基本流行病学数据，可以生成更及时的国家 Surveillance 和控制信息。此外，对近期分离株的比较分析也能够提供更多的见解。P. stuartii检测到的罗马尼亚医院菌株与上述欧洲调查中在10个欧盟/欧洲经济区国家收集的菌株进行比较，将有助于了解碳青霉烯酶产生菌的传播情况。P. stuartii在欧洲层面。 本研究的目的是 ： • 确定产生碳青霉烯酶的分离株的流行病学和基因组特征P. stuartii在罗马尼亚医院 ； · 将这些特征与产生碳青霉烯酶的特征进行比较P. stuartii在其他欧盟 / 欧洲经济区国家检测到的分离株。 Methods 研究设计 这项研究方案基于2019年进行的欧洲碳青霉烯类和/或多粘菌素耐药肠杆菌科（CCRE调查）的协议[1]，并对部分内容进行了修改，以减少从分离株采集到全基因组测序结果之间的间隔时间。在检测到碳青霉烯类耐药和/或碳青霉烯酶生产菌的医院中，P. stuartii在过去两年内分离出的菌株被邀请参与此项研究。研究包括碳青霉烯类耐药和/或碳青霉烯酶生产的菌株。P. stuartii来自感染和 / 或定植的个体患者。P. stuartii对任何碳青霉烯类抗生素（厄他培南、西普霉胺、美罗培南）具有耐药性的独立菌株，根据当前EUCAST断点（v14.0）有效于2024年[7]，如果在医院实验室的临床常规检测中被识别，则符合纳入标准。P. stuartii通过分子测试证实分离株携带碳青霉烯酶基因。 取样 每个参与的医院被邀请提交最多20株碳青霉烯类抗生素耐药和/或碳青霉烯酶产生的菌株。P. stuartii优先纳入2022年和2023年的近期分离株。优选来自诊断目的采集的临床标本（如血液、尿液、痰液、伤口分泌物等）且非重复患者的非重复细菌分离株，并符合上述定义也包含在内。每株分离株均附有微生物学、临床和流行病学数据，具体内容如下。 数据收集 微生物和流行病学数据 收集的微生物数据包括分离株的独特标识符、样本采集日期、提交样本的医疗机构代码及其国家和地区统计级别2（NUTS 2）位置、样本类型以及对16种抗生素（包括厄他培南、亚胺培南、美罗培南、氨曲南、头孢噻肟、司他夫定、头孢他啶、阿莫西林-克拉维酸、哌拉西林-他唑巴坦、头孢他啶-阿维巴坦、阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素、环丙沙星、磺胺甲噁唑-甲氧苄啶和磷霉素）进行常规抗菌药物敏感性测试（AST）的结果。分离株在已建立常规方法的医院实验室中进行测试。盘扩散区直径和最低抑制浓度的解释使用了EUCAST折点标准 [7]。 人口统计学、流行病学和临床数据包括 ： • 年龄；• 性别；• 病人类型（例如，住院患者或门诊患者）；• 感染或定植/携带状态或临床意义不明，以及在感染情况下，感染部位；• 最可能的获得途径（例如，社区获得性和医疗保健相关性，根据样本采集时住院时间是否超过48小时进行区分）；• 与另一名患者存在流行病学联系的证据；P. stuartii感染或携带；• 过去12个月内有旅行史；• 过去12个月内有住院史；• 从另一个国家直接转入医院。 全基因组测序和生物信息学分析 Eurofins Genomics (Germany), contracted by ECDC, performed WGS. The final dataset includes: • 74P. stuartii罗马尼亚医院为这项研究收集的基因组 ； 68 个已发表和未发表P. stuartii基因组从P. stuartii罗马爆发事件[8]以及与乌克兰患者转移相关的调查（起源于丹麦、芬兰、法国、德国、爱尔兰、荷兰、挪威、波兰、西班牙[5]和拉脱维亚）；• 236P. stuartii来自公共领域的基因组。 这些分离株的元数据在可能的情况下被收集并标准化。组装使用了SPAdes v3.15.5进行，等位基因则使用ChewBBACA v3.2.0软件识别[9]。聚类使用了由国家公共卫生与环境研究所（RIVM）开发的内部全基因组多 locus 序列分型（wgMLST）方案，该方案包含3079个核心基因和665个辅助基因。由于在ECDC WGS分析管道中引入了ChewBBACA，簇聚类的切点从15个连续差异（ADs）[5]提高到25个ADs，以适应产生的稍大一些的两两距离。序列类型（STs）使用巴斯德研究所托管的系统进行分配。普罗维登西亚特定MLST方案[10,11]。抗菌药物耐药基因是使用ResFinder v4.1.11（数据库下载日期为2022年9月29日）在标准设置下识别的[12]。基于邻接算法生成的包含相关元数据的交互式系统发育树在Microreact中可视化[13]。 Results 地理和时间分布 七家最初注册的医院中有六家提交了耐碳青霉烯和 / 或产生碳青霉烯酶的P. stuartii进行全基因组测序（WGS）的分离株，提交的分离株数量从四个到每个协议允许的最大数量二十个 不等（表1）。六个医院分别位于该国的北部、中部和首都，并覆盖了罗马尼亚八个NUTS-2地区中的四个。其中三个医院（RO05、RO06和RO07）位于布加勒斯特（表1）。总共包括了74个分离株的数据集，最早的一个分离株采集于2021年12月29日，最后一个分离株采集于2023年9月5日（表1，图1）。除了一个分离株外，所有分离株均通过WGS确认携带bla.NDM-1 Number ofProvidencia stuartii分离株 (n = 74) ， 按地理区域、医院和覆盖期 (从第一个到最后一个分离株)， 罗马尼亚 ， 2021 年 12 月至 2023 年 9 月 上述所示的时间分布不应被视为流行病曲线，因为时间上的变异可能受到回顾性纳入存储数据的影响。P. stuartii隔离菌株，优先考虑较近期的菌株，并且每个医院最多包括20个菌株。因此，该图并不能反映发病率的真实时间趋势。 流行病学特征 大多数（共72例，占97.3%）分离株与感染相关，仅有两例被报告为 colonization 或 carriage。感染部位记录在表2中。其中，58例（占78.4%）被归类为医院获得性感染，其余16例（占21.6%）的获取方式未知。患者中男性较多（共48例，占64.9%），中位年龄为64.5岁（范围19-91岁）。病