长期跨国多血清型沙门氏菌爆发，与食用发芽种子有关

长期的跨国多血清型沙门氏菌与发芽种子消费相关的疫情 2025年3月6日 摘要 跨境多血清型沙门氏菌肠炎亚种爆发与发芽种子消费相关的事件自2023年以来一直在欧洲持续。在2023年1月至2025年1月期间，在欧盟/欧洲经济区（EU/EEA）的九个国家中确认了509例符合欧洲病例定义的沙门氏菌感染病例：比利时（1例）、丹麦（4例）、爱沙尼亚（1例）、芬兰（94例）、法国（3例）、德国（30例）、荷兰（9例）、挪威（257例）和瑞典（110例）。英国也报告了一起病例。该疫情涵盖了八个沙门氏菌血清型，其中一些在欧洲/欧洲经济区很少报道。多国调查中确定发芽豆为感染载体，这一结论得到了欧盟集中全基因组测序（WGS）分析的支持。 各国在公共卫生和食品安全领域的流行病学、可追溯性和全基因组测序（WGS）数据的共享，对于将芬兰、德国、挪威和瑞典的七个国家疫情与意大利的一个共同种子供应商联系起来至关重要。进一步的食品调查将这个共同供应商与位于意大利同一地理区域的三个种子种植者联系起来。应进一步研究环境在种植者层面种子污染中的作用，以及在整个种子供应链中的交叉污染对多重菌株出现的贡献。 食品安全机构在相关国家实施了控制措施，包括撤销和召回调查批次的种子。这显著减少了病例报告。然而，几个国家已经检测到新的病例，表明受污染的种子批次可能仍在流通中，需要进一步的干预措施。病例可能持续发生，直到种子被污染的点（s）。沙门氏菌种子生产商应采取所有必要的程序（例如，良好农业实践（GAP））以防止供发芽的种子受到微生物 污染，发芽菜生产商应实施适当的食品安全管理体系，以确保只有安全的产品进入市场。 © 欧洲疾病预防控制中心，欧洲食品安全局，2025 事件背景 由于感染多种病毒的持续风险沙门氏菌血清型与多个欧盟/欧洲经济区国家发芽种子相关的，2025年1月16日，欧洲委员会要求欧洲疾病预防控制中心（ECDC）和欧洲食品安全局（EFSA）共同进行快速爆发评估（ROA），以触发进一步的健康和食品安全调查。 在2023年1月至2025年1月期间，多个沙门氏菌肠炎亚种爆发在多个欧洲国家被发现，所有这些都与接触到来自意大利一家常见种子供应商的菠菜种子有关（有关食物调查的内容见‘食品和环境的微生物学及环境调查及控制措施’部分和‘附录1’）。 第一次疫情爆发于2023年1月（EpiPulse事件2023-FWD-00017）[1]，由...引起S.阿德莱德。虽然在初步调查中未确定来源，但后来在发芽种子中检测到了疫情菌株。2023年秋季，芬兰报告了一例疫情爆发。S.肠炎沙门氏菌（2023-FWD-00069）与发芽种子相关，爆发菌株也来自那些受影响个体所消费的产品。在德国也发现了与这些病例在遗传上紧密相关的病例分离株，尽管它们在人口统计学上与芬兰病例不同，并且被单独调查（见2023-FWD-00071）。德国病例的感染来源尚未确定。 挪威随后报告了三起不同的疫情爆发：S.鼠伤寒沙门氏菌ST36亚株A（2024年5月；2024-FWD-00049），S.Hvittingfoss（2024年8月；2024-FWD-00089），并S.Newport ST31（2024年10月；2024-FWD-00116）。尽管所有三个疫情的参与者在报告中提及了食用了发芽种子，但最强的证据来自以下内容。S.Newport ST31爆发，其中一项病例对照研究和芽菜样品的实验室检测确认了其关联。2024年8月，瑞典报告了一起由多个密切相关菌株引起的爆发。S.鼠疫沙门氏菌ST36（亚种B；2024-FWD-00108），在一项病例对照研究中发现，发芽种子的消费与疾病有强烈关联。芬兰、丹麦和挪威也发现了更多病例。所有暴发和食品调查均已在EpiPulse和RASFF通知平台上记录。 爆发株 对于本报告中使用在欧洲的标准病例定义，疫情菌株定义为任何具备以下特性的菌株： • 至少两个病例通过全基因组测序聚类 AND • 至少两个病例群内的病例报告了接触过苜蓿芽苗 OR • 根据以下标准之一，遗传聚类与从受影响种子供应商处获得的种子种植的苜蓿芽苗相关联：− 涉及的人员消费的苜蓿芽苗产品追踪至受影响的种子供应商 OR − 同一菌株（通过全基因组测序与病例隔离株聚类）独立地从从受影响的种子供应商处获得的种子种植的苜蓿芽苗中分离出来。 表格1中展示。满足这些标准和特定菌株核心基因组多重实验室分型等位基因差异（AD）阈值的菌株压力是 根据这些标准，通过在四个欧洲国家（芬兰：1，德国：2，挪威：3，瑞典：1）进行的七次独立疫情调查，确定了九个疫情菌株。在人类病例中，确定了八个不同的血清型（ST）和序列型，包括两种亚菌株。S.鼠疫沙门氏菌ST 36（A和B），由于它们之间存在着显著的遗传差异（>300个等位基因变异），故分别进行描述。 一项数据呼吁已由欧洲疾病预防控制中心（ECDC）发布给欧盟/欧洲经济区（EU/EEA）各国，以对列出的所有爆发菌株进行额外的回顾性病例搜索。该数据呼吁还包括两种罕见的序列类型（S.Kotte ST 11989 及S.Newport ST166，也曾与发芽种子隔离；然而，未发现任何人类病例。 欧洲疫情病例定义 以下为欧洲疫情病例定义：The European outbreak case definitions are provided below: 一个已确认的病例定义为： 实验室确诊的任何一例沙门氏菌肠炎亚种在表1中定义的爆发菌株，症状出现日期为2023年1月1日或之后（采样日期或如发病日期不可用，则为参考实验室收到样本的日期）； AND 满足以下实验室标准之一： •在分析时使用国家生物信息学管道针对表1中定义的代表性爆发参考菌株进行型特异性核心基因组等位基因差异阈值（或分别的单核苷酸多态性差异）时，位于其中。•在表1中定义的血清型特异性核心基因组等位基因差异阈值内的聚类；在集中化单链接分析中进行分析。 OR 满足流行病学标准：• 与国家爆发病例定义下实验室确诊的病例在流行病学上相关联。 人类病例的流行病学和微生物学调查 在2023年1月至2025年1月期间，九个欧盟/欧洲经济区国家报告了与此次疫情相关的509例实验室确诊的沙门氏菌病病例；比利时（1例）、丹麦（4例）、爱沙尼亚（1例）、芬兰（94例）、法国（3例）、德国（30例）、荷兰（9例）、挪威（257例）和瑞典（110例）。此外，英国也报告了1例病例（见表2）。北欧国家（尤其是挪威、瑞典和芬兰）受影响最为严重。病例中女性占多数（66%，n = 336）且主要为成年人（中位数1：44岁，范围：1-90岁）。有100例（20%）的住院信息可用且得到确认，其中大多数病例感染了沙门氏菌鼠伤寒沙门氏菌ST 36 (n = 44) 和S.Newport ST 31 (n = 39)。未报告任何死亡。表2总结了对病例人口 统计学、微生物学和流行病学证据的描述。所有病例分离株通过全基因组测序（WGS）与与紫花苜蓿芽苗和本次爆发相关的遗传聚类相联系，并符合上一节中描述的欧洲本次爆发病例定义。 突出行表示具有主要 outbreak 调查的国家；其他毒株作为这些调查的一部分被检测到。 流行病学上关于发芽种子暴露的证据是通过病例访谈、拖网、针对性或常规的流行病学调查问卷收集的（见表2）。对于芬兰、挪威和瑞典的三次最大疫情，通过病例-病例和 案例对照研究也被进行。在芬兰，一项在2023年进行的案例-案例研究也被进行。S.肠炎沙门氏菌ST 11爆发，涉及来自全国各地75个病例，被发现支持豆芽假设。在挪威，一项在下列期间进行的病例对照研究...S.Newport ST 31突发事件于2024年10月和12月发生，研究发现病例（n = 12）在发病前食用发芽种子的可能性是对照组（n = 35）的三倍（LASSO回归调整后的优势比惩罚值为3.13）。此外，通过杂货店收据证实了八名病例购买了相关产品。在瑞典进行的一项病例对照研究中，S.2024年8月至11月间发生的鼠伤寒沙门氏菌ST 36暴发，研究发现，病例组中食用羽衣甘蓝芽苗的几率是对照组的 四倍（调整后的优势比：4.15，95%置信区间：1.15−15.1）。在所有三项研究中，部分病例有多个证据链可供参考（自我报告食用羽衣甘蓝芽苗、购物收据以及涉及个人购买的发芽种子包装中的微生物学发现）。关于特定国家调查的更多细节将在下一节中提供。 芬兰（一次爆发） S. Enteritidis ST 11 (2023-FWD-00069)芬兰是这场地震的震中。S.肠炎沙门氏菌ST 11型在2023年8月至10月期间爆发，涉及共计75个病例（EpiPulse 事件2023-FWD-00069）。比利时（1例）、法国（3例）和德国（13例）也报告了与欧洲病例定义相符的遗传关联病例分离株。德国病例群和遗传关联的比利时病例被视为一个独立事件进行了报告和调查（见下文）。一项病例-病例研究确定了首乌梅子作为可能的感染载体。爆发株也从属于其中一例病例的包装中采集的首乌梅子发芽种子中分离出来。 其他相关爆发菌株 在2024年8月至12月期间，芬兰确认了18个案例。S.鼠伤寒沙门氏菌ST 36亚型B病例及一例S.金都尼 ST 5447 病例，这些病例与其他由瑞典和挪威分别首次报道的爆发菌株紧密遗传相关。S.Kisarawe 从一位病例家庭的开放型苜蓿和红三叶草幼苗混合包装中分离出来，该包装样本被采集。S.鼠伤寒沙门氏菌ST 36亚株B 德国（两次爆发） S. Adelaide ST 10506 (2023-FWD-00017) 德国报告了14例与多地区相关的病例。S.阿德莱德街10506地区从2023年1月至6月（EpiPulse事件2023-FWD-00017）发生的为期六个月的疫情。九名接受调查的病例中有四例报告称食用了芽菜产品。荷兰自2023年7月报告了一例与德国参考菌株基因相关联的病例（在5 AD内）。疫情菌株还独立地从德国销售的有机芽菜样品中分离出来。 S. Enteritidis ST 11 (2023-FWD-00071)2023年7月至9月期间，德国报告了12例与芬兰基因相关的病例。 S.肠炎沙门氏菌ST 11爆发（经ECDC-EFSA集中全基因组测序分析确认，与芬兰分离株相比，为3代祖先）。这些 病例在EpiPulse（2023-FWD-00071）中作为一个单独事件报告，由于病例人群统计学差异和病例分离株的更强克隆性。受影响的病例主要是来自德国多个地区的女性儿童，且大多数病例分离株非常紧密地聚集在一起（在1代祖先内）。一年后，在2024年9月，又发现了一名第十三例病例（与德国参考菌株相比，分离株为1代祖先）是一名女性儿童。比利时也报告了一例密切相关的病例分离株（与德国参考菌株相比，分离株为1代祖先），来自一名成年男性，该男性于2023年9月被隔离。此亚群的感染途径尚未确定。 其他相关爆发菌株 德国也报告了每个各自的1个。S.鼠疫耶尔森菌ST 36亚菌株B S.金都尼尼街5447例病例的分离株分别与2024年9月的瑞典和挪威爆发株密切相关。 挪威（三起疫情爆发） S. Typhimurium ST 36 亚株 A (2024-FWD-00049) 挪威报告了与多地区相关的14例病例。S.鼠伤寒沙门氏菌ST 36亚菌株A在2024年5月至8月期间爆发（EpiPulse事件2024-FWD-00049）。调查发现，大多数（九例）病例在问卷调查中报告了发芽种子的摄入，并且没有任何与旅行相关的迹象。该爆发以相对较高的住院率（57%）为特征，包括两例菌血症病例。丹麦还确定了两个与挪威参考菌株基因相关的病例（1-2 AD），这些病例在发病前均未离开丹麦，分别发生在2024年7月和2025年1月。 S. Hvittingfoss ST 446 (2024-FWD-00089) 在2024年8月至10月期间，挪威经历了与发芽种子