20世纪90年代中后期，乡村治理成为重要议题，进入新世纪后进一步进入高层政策议程。2006年，中央提出建立“乡村治理新机制”。乡村治理研究主要围绕农村发展的主要政策推进和基层公共组织的运行机制展开，聚焦乡镇治理、村庄治理和冲突治理三个基本领域。
乡镇治理方面，县乡政府一体化趋势明显，乡镇政府自主性减少，逐渐成为县级政府的从属组织。乡财县管改革规范了县乡财政分配关系，但乡镇财政增收动力变小，财政权力进一步弱化。同时，乡镇机构垂直化管理趋势显现，事权从乡镇向县市集中。经济发达地区出现强镇扩权改革，赋予乡镇政府更多权力，以适应经济社会发展的新要求。
村庄治理方面，村庄合并成为显著变化，分为地理性合并和管理性合并两大类。合并过程中面临村级集体财产产权关系、新社区居民身份体系、社区基层党政组织设置等问题。村庄合并的动力机制主要来自政绩动力和土地财政动力，植根于中国特定的政府体制。
村级组织方面，村级组织运行走向正规化和村干部职业化，但治理面临更多挑战。村级干部待遇实现工资制，村级财务被纳入乡镇政府财政管理体系，村级干部岗位专业化趋势明显。村级选举方面，选举动员机制演变，选举真实性有所提升，竞争性不断增强，选举中的竞争手段多样化，选举结果的政治效能显著提升。
冲突治理方面，乡村冲突主要产生于基层政府与农民之间的冲突，包括利益侵犯、服务缺位和管理缺位。冲突复杂化受政府因素、官员因素、政策因素和农民因素影响。基层发展出一套完整的“维稳”体制，涉及信访部门和政法部门，包括维稳办的产生、信访办的扩张和维稳考核的兴起。维稳工作机制包括问题排查、稳定控制、问题解决和责任追究四个系统。但维稳体制存在缺陷，信访体制扭曲，农民权利意识觉醒，导致社会稳定压力日益加重。
总体而言，近十年来，虽然经济社会发展取得长足成就，体制改革也有一定推进，但基层治理的质量并未相应提升，甚至有所下降。基层政府与上层政府的关系出现深刻的紧张和疏离，政府与基层社会的不和谐关系加剧。基层治理体制蕴含着系统性风险，需要改革政府体制和维稳体制，建立全新的乡村利益表达和协调体制。
