江西省地表水总体水质良好，但近年来部分河流和湖泊水质有所下降，尤其是鄱阳湖水质面临重大威胁。主要污染源为农业面源污染，其中畜禽养殖污染最为严重，其次是化肥污染、农村生活污水和生活垃圾。工业废水污染得到一定缓解，但城镇生活污水排放量逐年增加，成为新的污染源。
江西省已制定一系列水污染防治政策，并取得一定成效。但“九龙治水”现象依然存在，畜禽规模养殖、鄱阳湖中小流域污染和村镇生活污水治理是当前亟需解决的问题。
国内外已研发出多种水污染防治技术，包括畜禽养殖废水处理、农村生活污水处理和中小流域污染治理技术。江西省科学院在畜禽养殖废水处理、农村生活污水处理和中小流域污染治理方面取得了多项研究成果，并建立了多个示范工程。
为有效治理水污染，建议明确各方责任，建立协调联动机制，成立技术创新团队，构建综合治理技术体系，并建立商业运作模式，加大政府采购力度。
