支持经济高质量发展税费指南：港航物流业企业税费合规辅导手册

2026年是推进“十五五”规划的开局之年。《济宁市人民政府2026年政府工作报告》提出，我市经济社会发展突出新型工业化强市、北方内河航运中心、世界文化旅游名城“三大定位”。为更好发挥税收服务地方经济高质量发展的职能作用，济宁市税务局组织编写了系列《支持经济高质量发展税费指南》。 依托内河航运与陆路交通枢纽优势，济宁市港航物流产业已成为连接生产与消费、贯通国内与国际市场的核心纽带。为帮助港航物流企业防范涉税风险，筑牢合规经营根基，济宁市税务局结合港航物流行业经营特点（涵盖港口运营、多式联运、航运服务、仓储配送、货代报关等多业态），组织编写港航物流业税费合规辅导手册。手册聚焦港航物流企业生产经营全流程，系统梳理重点税种、特殊业务、社保非税、纳税缴费信用的合规要点，以“风险提示+自查要点+政策依据+合规小贴士”的结构，为企业提供可对照、可操作的合规指南。 税企同心，合规致远！希望本指南成为港航物流业企业合规申报的“工具书”，风险防控的“防护网”。济宁税务部门将持续优化税费服务、强化政策落实、规范税务执法，携手广大市场经营主体共建法治公平的税收营商环境。 ..................................................................................1 一、增值税合规管理........................................................................ 1 （一）应税收入确认类...............................................................1（二）进项税额抵扣类...............................................................3（三）增值税优惠适用类........................................................... 6 二、企业所得税合规管理..... ........................................................... 8 （一）应税收入确认类...............................................................8（二）成本费用扣除类.............................................................11（三）资产税务处理类.............................................................13（四）企业所得税优惠适用类................................................. 16 三、其他税种合规管理.............................................. .................... 18 （一）个人所得税代扣代缴合规管理..................................... 18（二）房产税、城镇土地使用税合规管理............................. 21（三）印花税、契税合规管理................................................. 23（四）车船税合规管理（涉运输船舶、车辆）..................... 25（五）资源税合规管理（涉港口疏浚、砂石运输）............. 27 四、港航物流业特殊业务涉税合规管理.......................................28 （一）港口运营及装卸搬运服务类......................................... 28（二）多式联运业务差额计税类............................................. 29（三）航运服务及船舶租赁类................................................. 31 （四）仓储配送与货代报关业务类......................................... 31（五）跨境物流及国际运输服务类......................................... 32............................................................................34一、缴费工资核算与申报.............................................................. 34二、申报缴纳与风险提示.............................................................. 36................................................................................38一、国有土地使用权出让收入.......................................................38二、残疾人就业保障金.................................................................. 39................................................................................40一、信用信息采集“别踩坑”.......................................................41二、纳税缴费信用评价“划重点”...............................................42三、信用修复与复评的“通关秘籍”...........................................45......................................................................................................49 一、增值税合规管理 增值税覆盖港口装卸、运输服务、仓储配送、货代报关等全链条经营环节，涉税场景兼具“劳务+服务+资产租赁”多元属性，计税方式含一般计税与差额计税，核心风险主要体现在收入拆分隐匿、差额计税扣除凭证不合规、优惠政策适用不规范、进项抵扣范围混淆四大方面，是企业税务合规管理的重点。 （一）应税收入确认类 1.核心风险点 1.1港口装卸、堆存、理货收入拆分核算，将应税收入计入“往来款”长期挂账，未足额计提销项税额； 1.2多式联运业务中，将运输加价收入直接冲减成本，仅按差额部分申报纳税，变相少计收入； 1.3船舶租赁、设备租赁收入与运输服务收入未分别核算，错用低税率申报纳税；其中有形动产租赁（光租、车辆 /设备租赁）未按13%、交通运输服务（程租、期租）未按9%计税； 1.4港航物流企业对外转售水电气、提供维修保养服务，未按规定申报增值税； 1.5兼营不同税率业务（如运输服务9%、物流辅助服务6%、不动产租赁9%、货物销售13%）未分别核算，统一按低税率申报； 1.6预收运费、仓储费已提供服务但未及时结转收入，以油卡、债务冲抵运费，未确认收入； 1.7跨境物流业务中，未准确划分境内段与国际段运输服务，将境内运输服务并入国际运输服务违规享受免税政策。 2.合规自查要点 2.1核对港口运营台账、运输合同、货运单据与收入明细账，确认装卸、堆存、运输等收入全额申报，无拆分、挂账情形； 2.2核查“预收账款-运费/仓储费”科目，逐笔核实是否已提供服务，已实现应税收入的及时结转； 2.3核 查 租 赁 协 议 、 收 款 记 录 ， 确 认 有 形 动 产 租 赁（13%）、不动产租赁（9%）收入按对应税率申报，与运输服务收入分别核算； 2.4核查转售水、电、气及维修服务相关凭证，转售电力按13%、转售自来水/煤气/天然气/暖气按9%（符合条件可选择简易计税3%）、加工修理修配服务按13%，分别核算并按适用税率申报纳税； 2.5梳理企业经营业态，核查会计核算是否按不同税率/征收率分别核算销售额，无混算低报税率情形； 2.6核查价外费用（如加急费、滞期费、违约金）收款凭证，确认已并入销售额申报纳税，无遗漏； 2.7核查跨境物流业务合同、报关单，根据是否取得资质、运输方式等情形判断适用免税/零税率政策；如果境内段作为国际运输服务全程的一段，可随整体适用零税率。 3.政策依据 《中华人民共和国增值税法》及其实施条例；《国家税务总局关于跨境应税行为免税备案等增值税问题的公告》（国家税务总局公告2017年第30号）；《财政部 税务总局关于增值税法施行后增值税优惠政策衔接事项的公告》（财政部 税务总局公告2026年第10号）；《财政部 税务总局关于出口业务增值税和消费税政策的公告》（财政部 税务总局公告2026年第11号）。 4.合规小贴士 港航物流企业多业态经营，尤其是差额计税业务与一般计税业务需严格区分，避免因核算不清导致税率错用；跨境物流业务需单独留存报关单、运输合同等资料，准确划分境内外服务范围，防范免税政策错用风险；规范挂靠、承包、无船承运业务管理，确保合同、物流、资金、发票“四流合一”。 （二）进项税额抵扣类 1.核心风险点 1.1多式联运差额计税项目，将不属于扣除范围的费用（如业务招待费、广告费）计入差额扣除基数，违规抵减销售额； 1.2购进货物/服务用于集体福利（如员工宿舍、通勤班车）、免税项目，未做进项税额转出； 1.3取得不符合规定的扣税凭证（如虚开的运输服务费发票）抵扣进项税额； 1.4船舶、车辆、装卸设备等固定资产非正常损失（如报废、毁损、被盗），未转出对应进项税额； 1.5港航物流企业支付的港口费、代理费、保险费，取得虚开的增值税专用发票抵扣进项； 1.6兼营一般计税与简易计税/免税项目，未按比例分摊不得抵扣的进项税额，全额抵扣引发违规； 1.7购进燃油、配件等货物用于无偿提供运输服务（非应税交易），对应的进项税额已抵扣但未按规定做进项税额转出，存在违规抵扣风险。 2.合规自查要点 2.1核查差额扣除凭证，确认仅扣除承运方运费、港口费、报关费等符合规定的项目（取得合法有效凭证），无超范围扣除情形； 2.2核查“管理费用-职工福利”“主营业务收入-免税收入”相关凭证，确认对应的进项税额已及时转出； 2.3核查增值税扣税凭证，确认发票抬头、税号、货物/服务名称与实际业务一致，资金流、发票流、业务流“三流一致”； 2.4核查“营业外支出”“待处理财产损溢”科目，核实固定资产、存货非正常损失原因，已按规定转出对应进项税额（含购进时的进项及后续抵扣的进项）； 2.5核查港口服务、代理服务合作协议及发票，确认合作方具备合法经营资质，发票开具内容与实际服务一致； 2.6不得抵扣的进项税额=当期无法划分的全部进项税额×（当期简易计税方法计税项目销售额+当期免征增值税项目销售额+当期不得抵扣非应税交易收入）÷（当期全部销售额+当期全部非应税交易收入）； 2.7核查无偿提供运输服务对应的燃油、配件购进凭证，确认已抵扣的进项税额已按规定做进项税额转出，无违规抵扣情形。 3.政策依据 《中华人民共和国增值税法》及其实施条例；《国家税务总局关于发布<营业税改征增值税跨境应税行