世卫组织新冠病毒溯源联合研究报告（英）-世卫组织-2021.2-120页

1世卫组织召集的 SARS-CoV-2 起源全球研究：中国部分世卫组织-中国联合研究 2021 年 1 月 14 日至 2 月 10 日联合报告 2缩写词和首字母缩略词列表ARI 急性呼吸道疾病cDNA互补DNA中国CDC冠状病毒Ct 值循环阈值日本DDBJ DNA数据库EMBL-EBI 欧洲分子生物学实验室和欧洲生物信息学研究所FAO 联合国粮食及农业组织GISAID 全球共享禽流感数据库倡议GOARN 全球疫情预警和响应网络 香港特别行政区 香港特别行政区 华南市场 华南海鲜批发市场IHR 国际卫生条例（2005）ILI流感样疾病INSD国际核苷酸序列数据库MERS 中东呼吸综合征MRCA 最近的共同祖先NAT核酸检测NCBI 国家生物技术信息中心NMDC 国家微生物数据中心NNDRS 国家法定疾病报告系统OIE 世界动物卫生组织（Office international des Epizooties）PCR聚合酶链反应突发公共卫生事件 国际关注的突发公共卫生事件RT-PCR 实时聚合酶链反应SARI 严重急性呼吸道疾病SARS-CoV-2 严重急性呼吸系统综合症冠状病毒 2SARSr-CoV-2 严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 相关病毒 tMRCA 到最近共同祖先的时间世界卫生组织 世界卫生组织WIV武汉病毒研究所 3致谢世卫组织感谢联合小组的工作，包括参与本报告技术部分工作的中国和国际科学家和世卫组织专家，以及为联合任务准备数据和信息的研究工作人员。此外，来自武汉、湖北省和全国各地的许多卫生官员、动物、环境和公共卫生专家与联合团队一起进行了起源研究，他们的贡献也反映在报告中。傅希娟带领的口译和笔译团队为联合团队全体会议和工作组提供了重要的同声传译和交替传译；支持实地考察和采访；并提供工作文件、演示文稿、报告和关键文件的快速翻译，以支持联合团队的工作。世卫组织还感谢许多机构和办事处在联合任务的准备和实施过程中提供的技术、行政和后勤支持。世卫组织北京办事处和世卫组织总部的工作人员与中国同行和同事以及伙伴组织和机构就详细的实际安排和后勤工作密切合作，并提供工作人员支持联合任务。此外，世卫组织快速审查小组和世界动物卫生组织提供了一个关于 SARS-CoV-2 潜在起源的相关文献数据库，以补充联合研究期间的技术工作组。世卫组织感谢许多人的贡献，特别是（按字母顺序）陈中丹、Gauden Galea（世卫组织代表）、CK Lee、乔建荣、Danny Sheath、Paige Snider、孙佳妮、Khristeen Umali Dalangin，以及徐华兵、庞欣欣、刘锡娟和世卫组织驻华代表处行政团队。全体会议和工作组会议的报告以及实地考察的报告由 David FitzSimons（报告的编辑）、孙健妮和 Lisa Scheuermann 编写。我们衷心感谢以下专家在本次联合研究中做出的宝贵贡献： 黄飞（中国疾病预防控制中心），教授。 刘江梅（中国疾病预防控制中心），教授。 韩景修（中国疾病预防控制中心），教授。 徐春雨（中国疾病预防控制中心），教授。 耿孟杰（中国疾病预防控制中心），教授。 胡跃华（中国疾病预防控制中心）；博士。 吴洋（湖北省疾病预防控制中心），博士。 陈琦（湖北省疾病预防控制中心），博士。 刘曼曼（湖北省疾病预防控制中心），博士。 周梦阁（湖北省疾病预防控制中心），博士。 孟派（武汉州疾病预防控制中心），博士。 赵媛媛（武汉州疾病预防控制中心），博士。 王大帅（武汉州疾病预防控制中心），博士。 张家敬（武汉州疾病预防控制中心），教授。 王令航（北京地坛医院），教授。 吴文娟（金银潭医院） Prof. 徐磊（清华大学），教授。 贾志远（中国疾病预防控制中心病毒性疾病预防控制所），教授。吴志强（中国医学科学院、北京协和医学院病原生物学研究所），博士。），博士。 何小舟（中国疾病预防控制中心病毒性疾病预防控制所），教授。 倪建强（中国动物疫病防治中心），教授。 蒋景坤（清华大学环境学院），Prof. 李东（武汉市动物疫病防治中心），教授。 李明坤（中国国家生物信息中心），教授。 陈华（中国国家生物信息中心），教授。 陆健（北京大学）。 4 5内容总结 6背景 9联合国际团队的成员和工作方法 12主要发现 16流行病学 16监测数据——发病率 16监测数据——死亡率 30回顾储存的生物样品测试 50总结和建议 53参考文献 56分子流行病学 58分子流行病学背景 58方法 61SARS-CoV-2 全球数据库概览 61早期病例序列概览，全球概览 67SARS-CoV-2 的人畜共患病起源 82SARS-CoV-2 病毒在自然感染动物中的基因组测序数据 85总结与展望 87参考文献 88动物和环境研究 92介绍 92方法 93结果 94结论 108建议 109参考文献 110可能的应急途径 111直接人畜共患病传播 112通过中间宿主引入，然后是人畜共患病传播 114通过冷/食物链引入 116通过实验室事件介绍 118参考文献 120结束语 120 6世卫组织召集的 SARS-CoV-2 起源全球研究：中国部分世卫组织-中国联合研究小组报告2021年1月14日至2月10日概括2020 年 5 月，世界卫生大会在 WHA73.1 号决议中要求世界卫生组织（WHO）总干事继续与世界动物卫生组织（OIE）、联合国粮食及农业组织密切合作。联合国 (FAO) 和各国，作为 One Health 方法的一部分，确定病毒的人畜共患病来源和传染给人群的途径，包括中间宿主的可能作用。目的是防止动物和人类再次感染病毒，并建立新的人畜共患病宿主，从而进一步降低人畜共患病出现和传播的风险。2020 年 7 月，世卫组织和中国开始为研究奠定基础，以更好地了解病毒的起源。职责范围 (TOR) 达成一致，定义了分阶段方法、研究范围、主要指导原则和预期可交付成果。 TOR 设想了短期研究的初始阶段 1，以更好地了解该病毒可能是如何被引入并开始在中国武汉传播的。世卫组织选择了一个国际多学科专家团队，与中国专家多学科团队在这些研究的设计、支持和实施方面密切合作，并进行后续访问以审查进展并就一系列进一步研究达成一致。联合国际团队由来自其他国家、世界卫生组织（WHO）、全球疫情警报和响应网络（GOARN）和世界动物卫生组织（OIE）（附件 B）的 17 名中国专家和 17 名国际专家组成。联合国粮食及农业组织（粮农组织）作为观察员参加了会议。在最初的在线会议之后，于 2021 年 1 月 14 日至 2 月 10 日在中华人民共和国武汉市进行了为期 28 天的联合研究。该团队商定了一项工作计划并成立了工作组，以审查在以下领域的第一阶段研究中取得的进展：流行病学；动物和环境；以及分子流行病学和生物信息学。在讨论过程中，国际专家对所使用的方法和获得的数据有了更深入的了解。为响应访问期间的要求，生成了进一步的数据和分析，反映了一种富有成效的迭代方法，以改进所有领域复杂研究的设计和解释。除了小组工作外，该团队还就相关主题进行了科学和专题演讲，以帮助为其工作提供信息，对重要地点进行了一系列实地考察，并与主要知情人进行了访谈。流行病学工作组通过对 2019 年底武汉及其周边地区呼吸道疾病发病率监测的研究，仔细研究了识别早期 COVID-19 病例的可能性。它还利用了国家哨点监测数据；疾病的实验室确认；零售药房购买退热药、感冒药和止咳药的报告； 2019 年下半年在武汉、湖北省其他地区和其他省份的各医院存储的 4500 多个研究项目样本的存储样本的便利子集。在这些研究中，没有一项证据表明 COVID-19 的病原体对 COVID-19 爆发前几个月的发病率有影响。此外，还审查了武汉市和湖北省其他地区的全因死亡率和肺炎特异性死亡率的监测数据。记录在案的全因死亡率迅速增加 72020 年第三周的肺炎特异性死亡人数表明，到 2020 年第一周，病毒在武汉人口中广泛传播。一到两周后，武汉以外湖北省人口的死亡率急剧上升表明武汉的疫情先于湖北省其他地区的传播。向中国国家法定疾病报告系统（NNDRS）报告的监测数据和病例均经过临床审查。 NNDRS 在 2019 年 12 月收到了 174 例出现症状的 COVID-19 病例的通知。在武汉 233 家卫生机构的广泛演习中，在晚爆发前的 10 月和 11 月的两个月内，约有 76,253 例呼吸系统疾病病例记录2019年进行了临床审查。尽管在审查后认为有 92 例病例与 SARS-CoV-2 感染相容，但随后的测试和进一步的外部多学科临床审查确定没有一例实际上是由 SARS-CoV-2 感染引起的。根据对该数据和其他监测数据的分析，在这两个月内，武汉不太可能发生 SARS-CoV-2 感染的任何实质性传播。许多早期案件与华南市场有关，但类似数量的案件与其他市场有关，有些与任何市场无关。 12 月在更广泛的社区内传播可以解释与华南市场无关的病例，再加上与该市场无关的早期病例的存在，可能表明华南市场不是爆发的原始来源。然而，其他未确定的较轻病例可以提供华南市场与早期病例之间的联系，而与市场没有明显联系。因此，目前无法就华南市场在疫情起源中的作用或感染如何引入市场得出确切结论。分子流行病学和生物信息学工作组检查了从动物身上收集的病毒的基因组数据。迄今为止，来自调查和针对性研究的证据表明，在蝙蝠和穿山甲中发现了与 SARS-CoV-2 相关性最高的冠状病毒，这表明这些哺乳动物可能是导致 COVID-19 的病毒的宿主。然而，迄今为止从这些哺乳动物物种中发现的两种病毒都与 SARS-CoV-2 不够相似，无法作为其直接祖先。除了这些发现之外，水貂和猫对 SARS-CoV-2 的高度易感性表明，其他种类的动物可能是潜在的宿主。为了分析爆发初期的病毒基因组和流行病学数据，该团队审查了通过中国国家生物信息中心综合数据库收集的有关所有可用冠状病毒序列及其元数据的数据。对 2019 年 12 月和 2020 年 1 月收集的样本的所有序列数据进行了更深入的分析，以了解疫情第一阶段病毒的多样性。对于在武汉发现的病例，2019 年 12 月 31 日之前发病病例的样本数据与流行病学背景数据相关联。来自华南市场暴露患者的几个样本具有相同的病毒基因组，表明它们可能是一个集群的一部分。然而，序列数据还显示，在武汉爆发的早期阶段，一些病毒已经存在，这表明华南市场集群之外的传播链是非抽样的。暴露于生肉或毛茸茸动物的流行病学参数没有明显的聚类。此外，估计了最终数据集中 SARS-CoV-2 序列的最新共同祖先的时间，并与之前的研究结果进行了比较。此类分析可被视为估计值，但不能提供起源时间的明确证据。根据分子序列数据，结果表明爆发可能在 2019 年 12 月中旬之前的几个月开始。最近祖先的时间点估计从 9 月下旬到 12 月初，但大多数估计是11 月中旬至 12 月初之间。最后，该团队审查了来自不同国家的已发表研究的数据，这些研究表明 SARS-CoV-2 的早期传播。研究结果表明，SARS-CoV-2 的传播比最初发现病例早了几周。一些疑似阳性样本甚至更早被发现 8与武汉首例相比，提示其他国家存在漏诊的可能。然而，到目前为止，研究的质量是有限的。尽管如此，调查这些潜在的早期事件还是很重要的。动物和环境工作组回顾了在不同动物（包括马蹄蝠（Rhinolophus spp）和穿山甲）中发现的与 SARS-CoV-2 系统发育相关的冠状病毒的现有知识。然而，通过对中国各地的蝙蝠或野生动物的采样和测试，尚未检测到 SARS-CoV-2 的存在。在中国 SARS-CoV-2 爆发前后，从中国 31 个省收集了 80 000 多份野生动物、牲畜和家禽样本，未发现 SARS-CoV-2 抗体或核酸阳性结果。通过对华南市场动物产品的广泛检测，未发现动物感染的证据。华南市场从收盘时开始的环境采样显示，在华南市场的923个环境样本中，有73个样本呈阳性。这表明表面被